Câu truyện bắt đầu tại Gensokyo, một nới cứ ngở chỉ có trong những truyền thuyết về những sinh vật thần thoạiKể về Marisa, một phù thủy loài ngưòi và Reimu, nữ tế thần của đền HakureiLiệu cuộc tình giữa hai nữ chính sẽ đi về đâu?…
Kenchi Sariku một cậu thiếu niên sống tại Gensokyo ,sau khi được ông Youki konpaku cứu thoát chết khỏi tử thần.Cậu đã đổi họ (Konpaku) và theo học làm đồ đệ của ông. Một đêm họ, Youki đã biến mất và để lại lá thư cho cậu đi tìm người trong thư. Một sự kiện đã dẫn cậu đến thế giới bên ngoài và sống ở ngoài đó một thời gian cho đến khi một đoàn tàu định mệnh đã chở cậu về lại Gensokyo. Lúc này nơi đây đã thay đổi và thế là câu chuyện của cậu cũng chính thức bắt đầu tại đây.…