Ở một nơi nào đó tại gần trung tâm thiên hà, có một hành tinh tên là Dlrow. Nó đã xuất hiện từ ngay sau khi vụ nổ Big Bang xảy ra, một loài sinh vật không hình dáng, không mục đích, không thực thể, nó tự gọi mình là Cthu, sinh vật đầu tiên và duy nhất trong vũ trụ tại thời điểm đó. Cthu không hề có ý thức, việc duy nhất nó làm là trải dài và phủ rộng khắp vũ trụ, tới mọi nơi thậm chí cả những chỗ ánh sáng không chạm tới. Cthu càng lúc càng to lớn hơn, cơ thể nó trải dài khắp các liên thiên hà. Chỉ sau hai phút tính từ khi vụ nổ lớn xảy ra, nó đã bao trùm toàn bộ vũ trụ. Nhưng, vật cực tất phản. Cthu đã tự tách rời bản thân ra thành các sinh vật nhỏ hơn với tên gọi giống như nó. Chủng loài tên Cthu này đã tự tranh chấp lẫn nhau để dành lấy không gian tồn tại của bản thân, chiến tranh xảy ra liên miên trong các trường năng lượng. 

  Ba phút sau khi Big Bang xảy ra, một trong số chúng đã sáng tạo ra một thứ được gọi là nguyên tử nhờ việc ghép hai loại hạt nhân mang điện tích âm và dương lại với nhau, một thứ có thể giảm thiểu tối đa tác động bởi tác sinh vật Cthu. Điều đó khiến cuộc chiến bắt đầu thay đổi nhanh chóng mặt. Các sinh vật Cthu thi nhau "ghép" các nguyên tử thành những vật chất cao hơn, phức tạp hơn, và rồi "đính" bản thân vào đó. Một trong số chúng muốn tránh xa các cuộc chiến, nên đã tự "đính" bản thân vào những hành tinh khổng lồ hoặc những bụi sao trôi lênh đênh ngoài vũ trụ. Một số khác không hài lòng với việc đó, chúng muốn chiến tranh và chiến thắng, nhưng nếu trở thành những vật vô tri thì hoàn toàn không thể nào đấu tranh với những Cthu khác được, do đó, chúng quyết định nghiên cứu và thử "ghép" nhiều hơn nữa. 

  10,5 tỉ năm sau, một bước đột phá, chúng đã "ghép" được thứ đầu tiên gọi là sinh vật đơn bào. Với tất cả công nghệ, sự hiểu biết và tích lũy của bản thân, chỉ một phần mười tỉ giây sau đó, một giống loài được gọi là Thượng Nhân đã được Cthu "ghép" ra và "đính" bản thân lên đó, mở ra một thời kỳ chưa từng có trong vũ trụ. Và đương nhiên chúng vô cùng muốn kiểm chứng cũng như thể hiện phát minh mới nhất này của mình, chúng phát động chiến tranh với những Cthu khác, chúng đập phá hàng ngàn hành tinh chỉ trong một cú phẩy tay, khiến vô số các hành tinh di chuyển hỗn loạn trong không gian chỉ bằng một hơi thở.

  Chưa dừng lại ở đó, chúng chưa thỏa mãn khi chỉ tàn phá những Cthu hiền lành, vậy là cuộc chiến của những Thượng Nhân ở khắp nơi trên toàn vũ trụ nổ ra. Những cuộc chiến liên hành tinh khiến cho hàng loạt googol hành tinh bị hủy diệt trong nháy mắt. Cuộc chiến ấy khiến cho các Thượng Nhân lẫn Cthu đều rơi vào trạng thái "ngủ", chỉ còn một số vô cùng ít những Cthu vốn không tạo ra được Thượng Nhân hoàn chỉnh, chúng tạo ra những thứ có lẽ là yếu kém hơn, gọi là Thượng Vật, những sinh vật đa dạng do quá trình tạo lập mắc một số lỗi, ví dụ như quá dài, quá ngắn, quá lớn, quá nhỏ, quá nhiều chi, hay có giáp vẩy,... Điểm mạnh duy nhất, và cũng là lý do khiến chúng có thể sống sót trong cuộc chiến của các Thượng Nhân chính là khả năng "trú nhờ" và "tách rời" linh hoạt, chúng có thể nhanh chóng đem cả cơ thể của mình, "trú nhờ" các Cthu khác và "tách rời" khi các Cthu chúng "trú nhờ" có khả năng bị hủy diệt.

  Rút ra bài học từ cuộc chiến của các Thượng Nhân, các Thượng Vật, thay vì cố tạo lại các Thượng Nhân tương tự và "đính" vào đó, chúng tạo ra một thứ ít quyền năng hơn, ít điên rồ, ít kiêu ngạo và dễ chết hơn, và để các Cthu phải hòa hợp với nhau, thậm chí tạo vật này còn không ngừng khiến các Cthu rò rỉ ra ngoài, khiến chúng chẳng bao giờ có thể đạt tới trạng thái tốt nhất của mình và phải liên tục để các Cthu khác "đính" vào cùng để duy trì tạo vật, nếu không, tạo vật đó sẽ chết, và các Cthu bên trong đó sẽ lại trôi nổi ngoài không gian. Chúng gọi tạo vật mới này là Tối Cổ Nhân. Những Tối Cổ Nhân, tuy có hình dáng giống Thượng Nhân, nhưng vẫn mang trong mình hầu hết đặc điểm của các Thượng Vật ví dụ như một số vẫn có vảy, một số có tai dài, một số khác thì có khả năng sống dưới nước,... Điều đó để chúng tự nhắc nhở mình, không bao giờ đi vào vết xe đổ của các Thượng Nhân, không bao giờ được, vĩnh viễn không. Và để đảm bảo chắc chắn, chúng tự đặt ra một luật lệ với nhau, rằng không bao giờ được phép sử dụng hay sáng tạo thứ được gọi là "công nghệ".

  300 năm sau đó, một xã hội đã được thành lập nên gồm các Tối Cổ Nhân khác nhau. Một xã hội ổn định và đông đảo các Tối Cổ Nhân sinh sống hòa hợp với nhau, để cho tiện giao tiếp và cơ cấu xã hội, họ phân các Tối Cổ Nhân thành các loài với những đặc điểm giống nhau, như yêu tinh, người lùn, chằn tinh,... Và xã hội mới được thành lập này, họ gọi nó là Exodia. 

  Một câu chuyện về một xã hội mới với tên gọi là Exodia. Liệu nó sẽ đi tới đâu? Liệu xã hội này cuối cùng có đi tới hủy diệt không hay nó có thể tồn tại tới vĩnh hằng?