Bất cứ câu chuyện nào đều có một khởi đầu, còn ở M.U.E.S khởi đầu của câu chuyện lại là sự kết thúc của một thời đại. 

 Cuối những năm 2500, Sự bất ổn trong quản lý trí tuệ nhân tạo dẫn đến việc bùng nổ liên tiếp những cuộc chiến tranh quy mô lớn, chất thải phóng xạ, vũ khí sinh học ảnh hưởng nặng nề tới hành tinh. Bằng một cách nào đó đã đánh thức một nguồn năng lượng ngủ say hàng tỉ năm bên trong Trái đất. Những nhà khoa học đầu tiên biết đến nó gọi nó là M.U.E.S,  nguồn năng lượng huyền bí không xác định. những ảnh hưởng của sự rò rỉ không kiểm soát của M.U.E.S khiến khí hậu hành tinh bị biến đổi nặng nề, những khu rừng nguyên sinh bỗng chốc biến thành cồn cát, những xa mạc dần có mưa, cùng với sự xuất hiện ngày càng nhiều những chủng sinh vật mới tiến hóa sau khi thích ứng với M.U.E.S, chính sự thức tỉnh của nguồn năng lượng này đã dần giết chết 30% dân số thế giới. Con người đã mất một khoảng thời gian dài chìm trong sự bất lực trước M.U.E.S thì có hai nhà khoa học đã tìm ra cách thức sử dụng sức mạnh của M.U.E.S, bằng việc để cho nguồn năng lượng đó nuốt trọn và chảy vào từng thớ thịt, từng mạch máu, họ đã điều hòa được sự ảnh hưởng của nó tới trái đất. Họ gọi nguồn năng lượng M.U.E.S là Mana, và tự gọi mình là Ma pháp sư đầu tiên hay sau này họ được biết tới với danh hiệu Khởi Nguyên pháp sư. Quyền năng mà việc sử dụng nguồn năng lượng Mana đem lại là vô cùng lớn, như việc điều khiển thời tiết, thay đổi không gian, tạo ra và điều khiển vật chất và năng lượng, thậm chí nó còn có thể lấn át cả phóng xạ hay vũ khí hạt nhân, nói cách khác họ lúc này không khác gì thần thánh. Qua thời gian họ chọn lọc và dạy cho những con người khác cách khai thác quyền năng từ M.U.E.S hay nói cách khác là cách thức sử dụng mana. Những con người được chọn phải mang những tố chất đặc biệt như không có dục vọng hay ham muốn cá nhân, và chỉ có bảy người được chọn tượng trưng cho bảy thiện tâm của con người lần lượt là Dinus tượng trưng cho sự Bảo vệ, Tsan Sung tượng trưng cho sự Kiên nhẫn, Alex tượng trưng cho sự hy vọng, Shiina tượng trưng cho sự yêu thương, Drafta tượng trưng cho sự tin tưởng, Johshep tượng trưng cho sự phát triển và Veresa tượng trưng cho sự khiêm nhường. Mỗi người mang một quyền năng khác nhau họ tự gọi mình là các Guardian, những người bảo vệ. Nhiệm vụ của họ là điều hòa ảnh hưởng của nguồn năng lượng Mana tới hành tinh và hỗ trợ các quốc gia phát triển và khai thác nguồn năng lượng này, ngoài ra họ còn đứng ra ngăn chặn các cuộc chiến tranh sảy ra bằng vũ lực và việc này do Drafta đảm nhiệm vì ông luôn tin rằng con người đấu tranh là vì giữ hòa bình cho thế giới. Nhưng càng tham gia, càng can thiệp vào những chận chiến đổ máu của con người, ông càng nhận ra bản chất tha hóa của những kẻ cầm quyền, rằng chúng chỉ chiến đầu vì lợi ích phát triển cá nhân sẵn sẵn sàng đẩy cả quốc gia vào chiến trận, rằng bản năng chiến đấu của con người sẽ không bao giờ chấm dứt, niềm tin của ông bắt đầu rạn nứt, Rằng tạo hóa đã sai sót khi tạo ra con người, Ông  thuyết phục các Guardian khác chung tay với ông thanh lọc Nhân loại chỉ để lại những cá nhân ưu tú đáp ứng niềm tin của các Guadian hay chính Drafta. Tất nhiên việc này nhanh chóng bị các Guardian phản đối, một vài người còn cho rằng ông chỉ đang bị áp lực và lên nghỉ ngơi, nhưng Ông không nghĩ vậy, rằng họ không thấy những gì mà Drafta đã thấy. Rằng nếu không ai chung tay thì ông sẽ tự làm lấy bằng quyền năng của chính mình. Việc đầu tiên Drafta làm là phát triển một nguồn Ma lực hắc ám thông qua một lỗ hổng M.U.E.S ở Châu Phi, sự rò rỉ của nó khiến những sinh vật nơi đây đột biến mạnh mẽ, bắt đầu hình thành những chủng loài mới. Thậm chí cả những sinh vật tưởng chừng chỉ có trong thần thoại, Loài Wyvern có sải cánh dài vài mét với cơ thể thằn lằn, loài chim FireHorn với bộ lông lúc nào cũng rực cháy thống trị bầu trời, mặt đất nơi những loài thú biến dị như Chimera và Bahamus, ngay cả những sinh vật thách thức mọi giới hạn về sinh học như loài Fellbacl với cơ thể dài như loài rắn nhưng chất độc của nó rỉ ra từ những kẽ vảy và nhiễm độc cả vùng đất, loài Fromician đột biến từ loài sâu săn mồi có thể thở ra hơi lạnh làm đóng băng một người trưởng thành ngoài ra còn vô số những loài quái vật khủng khiếp khác.   Còn bản thân Drafta đang ngày càng tàn nhẫn hơn trong những cuộc chiến, Ông thẳng thừng loại bỏ những phe cánh quân đội mà ông cho rằng không xứng đáng trong thế giới mới mà ông sắp tạo ra. Điều này nhanh chóng kinh động đến các Guardian, họ mở một cuộc họp với mong muốn Drafta thay đổi suy nghĩ nhưng Drafta không mảy may quan tâm, niềm tin trong hắn giờ đã bị vấy bẩn. Hắn chỉ quan tâm đến mục đích của bản thân và sẽ sẵn sàng loại bỏ những kẻ cản đường. Nhưng dù thế nào đi nữa thì trên hắn vẫn còn hai người thầy, những kẻ mà hắn nhận ra mình mãi mãi không thể so sánh. Và hắn bắt đầu kế hoạch diệt thế của mình bằng việc liên tục rỉ tai, gây mâu thuẫn và từng ngày truyền thứ ma thuật hắc ám lên hai người họ khiến họ dần mất đi sự tỉnh táo. Về phía Drafta, Hắn cùng với những tín đồ tiến hành cuộc chinh phạt của mình, Hắn nhắm đến các quốc gia có nền quân sự lớn mạnh, tiêu diệt nó bằng quyền năng tối thượng và đưa những kẻ hắn cho là xứng đáng gia nhập hàng ngũ tín đồ của mình. Điều này khiến các Guardian không thể ngồi yên thêm nữa. Thủ lĩnh của các Guardian, Dinus của sự bảo vệ đứng lên ngăn chặn Drafta. Sức mạnh ánh sáng to lớn của Dinus nhanh chóng lấn át và đẩy lui được thứ ma thuật tà ác của Drafta. Nhưng trong quá khứ giữa Drafta và Dinus có một mối quan hệ không khác gì anh em. Trong một phút yếu lòng, Dinus đã bất cẩn để cho Drafta hạ sát bằng chất độc của quỷ xà Vernom. Thậm chí còn biến Dinus thành một zombie mang sức mạnh còn lớn hơn của ông khi còn sống. Lúc này mọi điều kiện đã được đáp ứng. Với sức mạnh của tấm khiên Dinus, không kẻ nào thậm chí là các Guardian còn lại phối hợp cũng không tài nào ngăn chặn nổi Drafta. Họ lập tức nghĩ đến việc sẽ thỉnh cầu sự trợ giúp của hai vị Khởi nguyên pháp sư. Và điều này đã theo đúng kế hoạch của Drafta. Lúc các Guardian đến tìm hai người họ thì cũng là lúc Cuộc chiến của hai khỏi nguyên pháp sư bắt đầu, thảm họa thực sự đã bắt đầu. Bầu trời rạn nứt, những cơn lốc khổng lồ cuộn trào khắp hành tinh, từng ngọn núi nửa phát nổ, đại dương bốc hơi, từng mảnh lục địa bị xé toạc. Một cảnh tượng còn kinh hoàng hơn cả ngày tận thế, không nếu cuộc chiến của hai người này không dừng lại thì sẽ là cái kết cho cả hành tinh. Nhưng các Guardian không có cách nào ngăn chặn được sự hủy diệt này, quyền năng của hai khởi nguyên pháp sư vượt quá những gì họ có thể tưởng tượng, ngoài việc cố gắng cứu lấy nhân loại và sinh vật đưa chúng tới nơi an toàn thì họ cũng không thể làm gì hơn. Ngay lúc này Drafta trước sự kinh hãi tột độ cũng không quên mục đích của hắn. Hắn cùng với các tín đồ lập lên một ma pháp trận nhằm hấp thu sức mạnh tỏa ra của hai vị khởi nguyên pháp sư kia vì hắn nhận ra rằng thứ quyền năng trước mắt hắn có lẽ còn vượt xa vũ trụ này. Ngay lúc hắn sắp hoàn tất thì bất ngờ bị một người thanh niên bí ẩn với cây đại chùy trên tay tấn công, Ma thuật của anh ta khiến Drafta bị bất ngờ, nó không giống như bất kì thứ sức mạnh nào mà hắn từng thấy, từng cú vung chùy là cả bầu trời và mặt đất nứt toác, không gian bị chấn động dữ dội, Nhận ra kẻ này không thuộc dòng thời gian hiện tại, Drafta dùng đủ mọi loại biện pháp cũng không tài nào ngăn được bước tiến của người thanh niên đó, quân đoàn của hắn nhanh chóng bị quét tan. chính Drafta cũng bị đánh bại và bị các Guardian thanh trừng nhưng cái chết của hắn không hề khiến tình tình tốt hơn. Trận chiến giữa hai khởi khuyên pháp sư vẫn tiếp diễn khi mà quyền năng của họ là không thể ngăn cản và cũng không thể tưởng tượng nổi hiểm họa này sẽ lớn đến mức nào. Từng đợt sóng năng lượng xé toạc lục địa và bầu trời, các Guardian nhận ra rằng nếu cuộc chiến này còn tiếp diễn sẽ là kết thúc của cả hành tinh hoặc xa hơn là cả vũ trụ. Bỗng trên bầu trời một dáng người mảnh khảnh lao vào giữa trận chiến cố gắng dùng cả tính mạng để thức tỉnh hai vị thần khỏi sự cuồng chiến. Shina, con gái của một trong hai khởi nguyên pháp sư và cũng là con nuôi của người còn lại cố gắng dùng toàn bộ ma lực cũng như sức lực để thức tỉnh hai người nhưng càng tiến lại gần trận chiến, áp lực càng lớn, những đợt sóng năng lượng bắn ra thiêu đốt đi cả cơ thể cô. Dùng toàn bộ sinh mệnh của mình cô thét lên ba chữ '' Dừng lại, Bố " rồi tan biến vào hư không...

Bầu trời dần lửng sáng, những dòng năng lượng cuộn trào tan biến, giữa bầu trời nước mắt của hai khởi nguyên pháp sư tuôn rơi, ngay cả mặt đất nơi những Guardian chứng kiến sự việc cũng không thể kìm nén nước mắt trước sự hy sinh cao cả của người em, người bạn của họ. Hai khởi nguyên lúc này đã sáng mắt trước một thế giới nay đã bị hủy hoại, trước những con người đã xem họ là đấng diệt thế, trước hậu quả mà họ đã gây ra. Không thể trao trả lại những gì đã mất, họ dùng quyền năng của mình tái thiết những gì còn lại của hành tinh. Ngoài việc điều hòa lại khí hậu, hai người nhận thấy những mảnh lục địa rách rời không đủ để con người có thể sinh sống, từ phần còn lại của Châu Âu và đông Á họ xác nhập chúng trở thành một vùng đất đai màu mỡ sau này được gọi là Eurotasia. Phần còn lại của Châu Á là một vùng đất có diện tích lớn được gọi là Worenter. Lục địa Châu Mĩ bị tách biệt làm hai nửa, Bắc mĩ mối liền với vùng cực bắc trở thành Northeren, Nam mĩ xác nhập với cực nam lạnh lẽo và trở thành một đại lục băng giá mang tên Iceronia. Châu Phi do ảnh hưởng mạnh mẽ từ những lỗ hổng M.U.E.S bị rò rỉ biến đổi trở lên vô cùng khắc nghiệt để con người có thể sinh sống, họ gạt nó ra xa những lục địa còn lại, khu vực này sau này nhờ nguồn mana to lớn ngày càng được mở rộng và được gọi là Tân giới, nơi sinh sống của những sinh vật vô cùng mạnh mẽ tưởng chừng chỉ có trong những câu truyện thần thoại. 

Hành tinh về cơ bản đã dần ổn định, nhưng vấn đề lớn nhất lúc này là nguồn Mana dồi dào vẫn chảy khắp hành tinh trong khi nguồn tài nguyên cơ bản đã dần cạn kiệt. Họ ra một quyết định có phần khó khăn là cho phép các Guardian truyền dạy lại cách thức sử dụng phép thuật cho con người, không phải một số mà là cả nhân loại. Tương lai của hành tinh phải do chính con người định đoạt. Còn về bản thân họ, quyền năng của họ khi này đã vượt qua khái niệm của một sinh vật sống, Họ rời khỏi trái đất sau khi chuẩn bị một số phương án để bảo vệ hành tinh. 

Từ đây, ánh sáng chói lòa rọi xuống từ bầu trời trong xanh báo hiệu một thời đại mới bắt đầu, thời đại KỈ NGUYÊN PHÉP THUẬT.  

  ( ngoài ra còn một phần hậu truyện về cuộc đại chiến sau khi các khởi nguyên pháp sư rời khỏi trái đất 200 năm mang tên Đại chiến thần giới )