El Reino Canopy está atrapado en medio de una guerra espantosa entre otros dos reinos, sin un fin aparente a la vista. La Reina Nancy del Reino Canopy encuentra a sí misma en posesión del Skull heart, un antiguo artefacto con la capacidad de conceder el deseo de su dueño a un costo considerable. Si la persona que desea a el Skull Heart no es pura de corazón, el despertara un gran mal, y una Skullgirl surgirá para traer la ruina sobre el mundo.

En un acto de desesperación, la Reina Nancy desea a el Skull Heart la paz entre los tres reinos. Corrompiendo su deseo, el Skull Heart transforma a la Reina Nancy en una Skullgirl. Gestión para aterrorizar y causar incalculables cantidades de destrucción a los tres reinos antes de ser finalmente destruida, la Reina Nancy también se las arregló para llevar a los tres reinos en una incómoda tregua para luchar contra ella, y más tarde a unirse en el caso de que surja una nueva Skullgirl.

En las ruinas de No Man's Land, un país una vez se levantó antes de la guerra, un hombre viejo y rico llora la pérdida de su fiel criada y única amiga, Marie. Angustiado por su muerte, el anciano la revive deseando a el Skull Heart. Marie fue restablecida, sino que surge como la nueva Skullgirl; los conflictos entre los recuerdos de su amo y ambiciones malvadas del Skull Heart, pronto mata a su antiguo maestro y acumula un ejército de muertos vivientes de soldados muertos para vengarse de aquellos que destruirían su tierra y forzar la mano a convertirse en el monstruo que es.