Cuộc sống của Kudo Shinichi và Ran Mori dưới thân phận là Kudo Conan và Kudo Aki vẫn như vậy.1 năm sau, cái chết của hai cô cậu đã dần chìm vào quên lãng.Gia đình Kudo, Kudo Yusaku và Kudo Yukiko đã chuyển lại về Nhật sống cùng với Conan và Aki, hai con người luôn nổi tiếng là lạnh lùng trong mắt mọi người.Còn về gia đình Mori, Mori Korogo và Mori Eri đã quay về cuộc sống như con gái họ mong ước.Gặp được Aki làm cho họ nguôi ngoai phần nào về việc mất con.Nếu đối với phía cảnh sát, ko ai là ko khâm phục với bộ não của Conan cả.Hàng tuần, cô và cậu đều được cô Jodie chở đến trụ sở FBI ( Ngụy trang dưới công ty thương mại SR ) để luân tập bắn súng cũng như judo, akido vân vân và mây mây và kết quả là:

        Kudo Shinichi ( Kudo Conan ) : Kĩ năng bắn súng là 1,400 yard ; Judo và Akido đạt đai cao nhất. Mori Ran ( Kudo Aki ) : Kĩ năng bắn súng là 1,100 yard ; Judo và Akido đạt đai cao nhất.

         Mọi người trong trụ sở FBI ai cũng biết về thân phận của hai con người này và tài năng của họ.Họ được gọi là "Bộ ba viên đạn bạc" cùng với Akai Shuichi.Bỗng một ngày đang ở trụ sở thì Shinichi và Ran bỗng nghe được một tin từ một nhân viên FBI:

          " Tôi điều tra được là Gin và đồng bọn đã phát hiện ra thân phận Của Shinichi và Ran rồi, phải đẩy nhanh kế hoạch thôi." FBI 1

          " Nà ní? Sao nhanh vậy?" FBI 2

          " Tôi còn nhận được tờ giấy này nữa." FBI 1

          "Tao đã biết được thân phận thật sự của Kudo Conan và Kudo Aki, hai đứa nhóc đó chính là Kudo Shinichi và Mori Ran đã bị tôi cho uống APTX-4869 và bị teo nhỏ bởi tác dụng phụ của thuốc.Các người hãy chờ đấy, dám gây tai nạn giả á,chờ tới ngày mà bọn chúng bị teo nhỏ,ta sẽ đem những người xuất sắc nhất đi để xử lí bọn mày.Chờ đấy!"

                                                                                                                                          Gin

           Ai đọc xong tờ giấy này cũng phải khiếp sợ, bỗng có một tiếng nói cất lên:

           " Ngày mà chúng tôi bị teo nhỏ lại trùng hợp, đó chính là ngày 21/3, chúng ta chỉ còn 14 ngày nữa thôi." Shinichi

           " Chuyện này là chuyện lớn, chúng ta nên hợp tác với cảnh sát Nhật, CIA, MI3 và MI2." FBI 3

           " Được đó, chúng ta phải đi đến Sở cảnh sát ngay còn mọi người liên lạc với CIA, MI3 và MI2 liền đi." James

           Ba người là Jodie,Camel,James đi đến trụ sở cảnh sát để gặp Thanh tra Megure.Đối với ông cũng bất ngờ bởi những vị này đến gặp ông.Hỏi:

           " Các vị có chuyện gì mà đến tìm tôi thế này?" Thanh tra Megure

           " Xin chào chúng tôi là đặc vụ FBI,tôi là James Black, còn đây là Jodie Starling và Andrel Camel. Chúng tôi muốn bàn với ông một số việc." James

           " FBI?" Mọi người có mặc ở trong phòng đều ngạc nhiên

           " Chúng ta vào công việc chính nào." Jodie

           Và thế và Jodie, James, camel kể .....bla.....bla.....bla.....

           " Vậy 8 a.m ngày mai mọi người đến SR nhé." Camel

           " Ủa? Đó ko phải là Công ty thương mại sao?" Takagi nói xong thì nhìn qua mắt Camel hiểu nên ko nói gì.Đêm hôm đó Shinichi và Ran ko về vì sự an toàn của chính mình.Mọi người thân lân cận của cô cậu đều được FBI bảo vệ một cách bí mật.

             Tham gia cuộc chiến lần này bên phía Tokyo có Thanh tra Megure Juzo, Thanh tra Ninzaburo Shiratori, Thiếu úy Sato Miwako, Trung sĩ Takagi Wataru và Thám tử lừng danh Mori Korogo.Bên Osaka có Thanh tra Hattori Heizo, Thanh tra Oro Otaki, Thủ trưởng cơ quan hình sự Ginshiro Toyama.Bên Nagano,Gunma có Takkaki Morofushi và Misao Yamamura.Toàn bộ nhân viên FBI được huy động được cỡ 10 người và CIA,MI2 và MI3 mỗi tổ chức khoảng 10 người.Còn có thêm Hattori và Kaito tham gia.

          8 a.m ngày mai bên phía cảnh sát đóng giả làm khách hàng để qua mặt phóng viên báo chí.Họ được James Black đón tiếp:

          "Hello!" James

          " Hello James." Thanh tra Megure

          Ai cũng phải ngạc nhiên với trụ sở FBI được bảo vệ rất rất là nghiêm ngặt.Muốn vào được trụ sở thì phải quét ID vân tay và mắt.Ngạc nhiên này đến ngạc nhiên khác.Hỏi:

          " Cánh cửa này dày bao nhiêu vậy?" Thanh tra Shiratori hỏi

          " 70cm, chống đạn,bom,..." Ông James nói làm mọi người ngạc nhiên

          Vào trong mọi người đều nhận được từ những nhân viên FBI,CIA,MI2 và MI3 là những ánh mắt lạnh lùng thì bỗng nhiên có người lên tiếng:

          " Xin mời các vị đưa súng ra và để chúng tôi kiểm tra, sau giờ họp sẽ trả lại cho các vị." Cô Jodie

          Vào phòng họp được thiết kế rất đặc biệt, nếu vào phòng mà đem máy nghe lén, camera hay điện thoại thì sẽ có chuông báo động.Tất cả mọi người đã vào trừ 3 chiếc ghế đặc biệt nhất chưa có người.Hỏi:

          " Chỗ đó của ai vậy Jodie-sensei?" Ông Korogo

          " Chỗ đó à, là bộ ba viên đạn bạc của FBI đấy." Camel

          "Vậy họ đâu?" Ông Korogo hỏi tiếp

          " Chắc họ sắp tới rồi.Mình họp trước thôi." James

          Ông James phát biểu:

          " Bọn tổ chức áo đen là tổ chức Mafia xuyên Quốc Tế, buôn bán các loại thuốc và ma túy hay các loại hàng cấm.Có Boss chưa rõ thân phận.Gin là một người cao to,tóc bạch kim,là người mà Boss tin tưởng.Vodlka, tóc ngắn màu đen,đeo kính đen là cấp dưới của Gin.Chianti và Korn là những tay súng bắn tỉa của tổ chức.Vermouth là bậc thầy cải trang,là cục  cưng của Boss , nữ diễn viên người Mĩ Chris Vineyard.Kir và Bourbon là người của CIA và Cảnh Sát An Ninh Nhật tham gia vào Tổ chức để lấy thông tin."

          " OMG,Nữ Diễn viên người Mỹ mà là thành viên trong tổ chức sao?" Thiếu Úy Sato

          " Phát thanh viên Mizunashi Rena nữa?" Trung sĩ Takagi

          " Amu Tooru là ở quán Poirot?" Ông Mori

          Ông James nói tiếp:

          " Tổ chức Áo đen có một loại thuốc giết người trong vòng 30s đó là..." Ông James đang nói thì bỗng có một tiếng nói vang lên:

          " APTX-4869." Giọng nói này vang lên ai nghe cũng phải biết đó là người rất thông minh khi còn nhỏ tuổi và luôn giúp đỡ cảnh sát khi vụ điều tra rơi vào thế bí.Phía bên FBI, CIA, MI2 và MI3 đều đứng lên làm phía bên Cảnh sát ko biết chuyện gì đang xảy ra.

          " Conan-kun và Aki-chan." Ông Megure ngạc nhiên

         " Chỗ này ko phải là chỗ của con nít.Cút." Ông Mori nói xong định đá hai đứa nhóc ra ngoài thì nhận được những cái nhìn sắc lẹm của bên FBI nên ko đi.Vì sốc toàn tập nên ko ai để ý bảng tên của hai đứa cả.

         " Chào mừng hai sếp đến với cuộc họp." Mọi người trừ Cảnh sát

         " Nà ní?" Thanh tra Megure

         " Sao các ông lại cho con nít tham gia." Thanh tra Hattori bất ngờ hét lớn

         " Cháu biết mấy bác sẽ rất sốc,cháu sẽ giải thích sau." Ran

        Shinichi, Ran và Akai đi đến chỗ ngồi của mình và nói:

         " Mọi người biết APTX-4869 chứ?" Shinichi

         " APTX-4869 là cái gì?" Thiếu úy Sato hỏi

         " Đó là một loại thuốc có thể giết người trong vòng 30s." Ran

         " Haaaaaaả? Vậy gần đây có các vụ án giết người ko rõ nguyên nhân từ bên pháp y là loại thuốc này sao?" Trung sĩ Takagi

         " Yes.Nhưng nó còn có tác dụng phụ." Shinichi

         " Hả?" Bên phía Cảnh sát,MI2,MI3 và một nhân viên cấp dưới của FBI ko biết thân phận của Shinran.

         " Đó là làm một người teo nhỏ thành đứa nhóc 7 tuổi." Ran

        " Chuyện đó là phi khoa học." Thanh tra Megure

        " Tụi cháu đã uống nó." Shinran đồng thanh

        " Này, đây ko phải là chuyện đùa." Thiếu Úy Sato nói xong nhìn ánh mắt của Shinran thì hiểu.

        " Vậy tụi cháu là ai?" Trung sĩ Takagi hỏi

        " Kudo Shinichi, thám tử." Shin " Mori Ran." Ran

        " Con là R...Ran?" Ông Mori hỏi

        " Dạ, là con đây bố." Ran tươi cười trả lời

        " Bọn cháu sắp thoát những ngày trốn chạy rồi, mệt mỏi thật." Shin nói như trút được gánh nặng.

        " Trận chiến cuối cùng rồi nhỉ, Shinichi?" Ran

        " Ukm." Shin

       " Vậy hơn một năm qua hai cháu sống thế nào?" Thanh tra Megure

      " Lúc cháu teo nhỏ trước Ran 4 tháng thì phải giấu Ran với cái tên Edogawa Conan,lúc Ran đã bị teo nhỏ chạy về nhà thì hai bác Mori ko nhận ra, chỉ có cháu nhận ra. Ran phải giả tên là Kudo Sakura đi học được một ngày. Sau đó phải nhờ FBI giả cái chết của tụi cháu là hai xác cháy đen.Tối ngày hôm sau ba mẹ cháu đã về tới Nhật và phải đổi tên cháu thành Kudo Conan và Kudo Aki, làm cháu họ của ba mẹ cháu và Edogawa Conan về Mỹ.Với tài hóa trang của mẹ cháu thì là thay đổi một chút về gương mặt của bọn cháu một chút rất dễ.Từ ngày hôm đó đi học ko được tiếp xúc với ai trừ Haibara Ai cũng bị teo nhỏ như bọn cháu.Cuộc sống cứ vậy mà lặp lại từng ngày cho tới bây giờ." Shinichi

       Ai nghe cũng thấy tội cho hai đứa nhỏ chỉ mới 17 tuổi mà phải đau khổ như thế này.Bỗng có một tiếng nói cất lên:

       " Haibara Ai tên thật là Miyano Shiho còn hoàn cảnh thì cô ấy sẽ kể sau." Ran

       " Chúng ta quay lại cuộc họp thôi nào."