Sau một vụ án truy lùng tung tích của bọn tội phạm , Conan và đội thám tử nhí phải trao đổi thông tin cho nhau qua huy hiệu lớp 1B. Vụ án kết thúc , huy hiệu vẫn còn kết nối với nhau , conan và haibara không biết và đã nói chuyện về việc bị teo nhỏ , thuốc teo nhỏ cùng tổ chức áo đang. Cả bọn thám tử nhí nghe được điều đó qua huy hiệu 1B và biết được sự thật về Conan và Haibara. Cùng lúc đó , Conan và Haibara phát hiện xe của tên Gin và liều mình vào xe đó lần nữa nhưng không hề biết đội thám tử nhí theo dõi mình. Đội thám tử nhí chui vào nấp xe của tên Gin , conan và haibara không hề cảnh giác và đã không biết được điều này. Conan và Haibara ra khỏi xe vì tìm được một manh mối mới và đi tới nhà ông tiến sĩ agasa.Lúc này đội thám tử nhí vẫn trên xe vì bị kẹt không ra khỏi nấp xe được. Tên Gin chạy xe đi về vì đã tìm được gì đó ở đây. Khi tới nhà tiến sĩ agasa,Conan kêu bắc ra ngoiaif nói chuyện (trước khi ra ngoài cậu đã lén lấy thuốc giải APTX4869 và Haibara đã chế xog) , và Vermouth luôn theo dõi tình hình ở nhà ông tiến sĩ và quyết định trả mối thù của cô và haibara lần cuối cùng ,nên đã lên thẳng nhà và bắt Haibara đi.Những thám tử nhí lúc này dùng huy hiệu gọi cho Conan và Haibara nhưng Conan đã để nó ở nhà tiến sĩ agasa.Haibara nghe được tín hiệu từ chiếc huy hiệu của bọn nhóc, chúng nói về việc nghe được bí mật của Haibara và Conan và đang trên chiếc xe màu đen mà Hai và Conan lén đi lên. Vermouth liền đoán ra xe của Gin.Haibara biết bọn nhóc đang gặp nguy hiểm nên nhờ Vermouth giúp lần cuối trước khi chết , bà ta chấp thuận.  Xe của tên Gin đã vào động của tổ chức áo đen.Biết có nguy hiểm bọn nhóc liền chui vào 2 bao tải chứa thuốc.Bọn áo đen mở cốp xe lấy 1 bao nhưng không có bọn nhóc. Bọn áo đen đi lên trên tầng lầu thì bọn nhóc đi ra,bọn nhóc tò mò đi lên tầng lầu.Cùng lúc này Shinichi,Hattori,thanh tra cảnh sát và FBI cũng đã tới nơi nhờ vào cặp kính của Conan.Lúc cậu quay trở về nhà tiến sĩ thì ko thấy Haibara đâu,cũng máy Haibara kịp thời để lại dấu tích nên conan thừa biết Vermouth đã bắt cóc Haibara đi.Còn về phía Ran cũng đang ở tổ chức nhưng ko ai bik vì cô đã lén chuôi vào xe của cô Jodie khi nghe được câu "chúng tôi sẽ tới hỗ chợ cho Shinichi".Hai và Verm đi lên tầng thượng. Lúc này chỗ ẩn náu đã bị bao vây bởi cảnh sát Tokyo. Bọn áo đen liền thông báo có con tin là 3 đứa con nít 6 tuổi , và không cho ai vào. Vermouth lúc này không để ý , Haibara lo cho bọn nhóc nên đã trốn đi.Shinichi nghe thông báo vì lo cho bọn nhóc nên cậu đã lén đi tìm bọn nhóc,nhưng ko may cho cậu là Ran đã theo đuôi cậu.  Haibara tìm được đến nơi ông trùm , ông ta và đồng bọn đang bắt giữ bọn nhóc. Haibara ra tính hiệu với bọn nhóc. Shinichi lên thang máy đến tầng thượng và thấy huy hiệu khác của bọn nhóc.Shinichi liền nói chuyện và thông tin được với Haibara và 2 người bàn tính kế hoạch cứu bọn nhóc.Nhóm bên ngoài vẫn đang trong tình trạng hỗn loạn , phải sơ tán dân chúng. Cảnh sát Tokyo ra lệnh bắn khách sạn của bọn tổ chức. Ông trùm biết bọn cảnh sát không màng đến con tin nữa nên cùng đồng bỏ chạy lẹn tầng thượng.  Haibara vào cứu bọn nhóc. Cả nhóm chạy xuống và gặp Shinichi ,Haibara gặp lại Vermouth và hỏi thăm tin tức của cha mẹ mình.Bà ta cho Haibara biết là họ đã chết. Trong lúc không để ý vì hục hững , vermouth bắt Haibara lại và uy hiếp mọi người.Bà ta chạy lên tầng thượng. Ran chạy theo phía sau là Shinichi.Nhóm còn lại cố chạy thoát ra ngoài, ông trùm dự tính chuyện này sẽ xảy ra nên đã từ lâu cài sẵn quả bom hẹn giờ.Ông ta đã kích hoạt nó. Ran lên đến tầng thượng yêu cầu thả Haibara... Vermouth liền bắn cô 1 phát thì từ sau lưng cô hét lên:

-Cẩn Thận -ko ai khác ngoài Shinichi,cậu chạy lại đỡ đạn cho Ran nhưng may ko nguy hiểm nó chỉ chúng vào vai.Còn Ran vì quá sợ nên đã ngất đi

  Vermouth cầm súng chỉa về phía Shinichi và

     Đoàng......Đoàng.........Đoàng

cậu nhắm mắt lại dợi chờ số phận '1s...2s.....3s...'cùng lúc Hattori cũng đã lên tầng thượng nhìn thấy 1 cô bé nằm trên dũng máu cậu liền hét:

-Haibara

Shinichi nghe tiếng Hattori liền mở mắt,cậu gằng như đứng hình khi trước mạt cậu là Haibara,cô đã đỡ đạn cho cậu.

    ..............ĐOÀNG...........

Lại 1 lần nữa tiếng súng vang lên làm cho Shinichi thức tỉnh ,cậu nhìn về phía Vermouth,cô đã nằm trên sàn và người bắn cô chính là Gin.Hắn ta bước tới chỗ Haibara thì Shinichi liền đứng dậy hỏi:

-ngươi muốn gì?

-đi theo tôi-Gin bế Haibara lên rồi bước đi theo sau là hattori đang bế Ran và Shinichi

Gin đưa họ ra khỏi tổ chức,vừa ra khỏi chưa được máy giây thì

..................................BÙM.........................

Một vụ nổ liên hoàng xảy ra đã xóa bỏ tất cả về tổ chức.Những người khác được đưa về nhà còn Haibara,Ran,Shinichi đều được đưa tới bệnh viện để đều trị.

---------------------------------Hết Chap 1-------------------------------