La Cité Silencieuse, connue aussi sous le nom de Cité des Os ou encore la Cité des ténèbres, est la résidence des Frères Silencieux. Elle sert également de lieu de repos pour les Shadowhunters décédés.

La Cité est vaste et complexe. Il existe plusieurs niveaux entre les chambres, les pièces à vivre et les cellules. Les étages supérieurs conservent des lieux secrets fermés à tout ceux qui ne sont pas des Frères Silencieux. La Cité est puissante grâce à la présence des corps des Shadowhunters décédés. D'ailleurs seuls les Shadowhunters qui ont respecté les lois de l'Enclave peuvent reposer à la Cité. Les autres sont enterrés au Cimetière de la Disgrâce à Idris.

L'Épée Mortelle est gardée dans une chambre sécurisée. Elle est suspendue au-dessus d'une plateforme où la rune de la clairvoyance est gravée. Quand un Shadowhunter souhaite retrouver sa mémoire, il se place sur la plateforme et L'Épée lui touche le front. S'il est assez fort, il peut retrouver la mémoire, sinon il en meurt.