Chuyện bắt dầu khi Satoshi đến học viện để gặp chú Pokemon đầu tiên của mình . Do đến trễ,lần lượt Bulbasaur,Squirtle và Charmander đều đã có người  bắt mất .
Anh chàng hậu đậu đành phải kết bạn với Pikachu-chu1 Pokemon " khó tính '' mà bất cứ ai cũng ái ngại . Trải qua nhiều biến cố,tình bạn của bộ đôi trở nên sâu đậm hơn.
Đồng thời,Satoshi còn kết thân với hai người huấn luyện khác là Souji và Makoto . Bộ ba bắt đầu len đường tìm kiếm Ho-oh để
kiểm chứng về Pokemon huyền thoại ấy .