Canterlot (Camelot)
Cloudsdale (Clydesdale, a breed of horse)
Appleloosa (Appaloosa, another breed of horse)
Manehattan (Manhattan)
Fillydelphia (Philadelphia)
Baltimare (Baltimore)
Vanhoover (Vancouver)
Los Pegasus/Las Pegasus (pun on Los Angeles/Las Vegas)
Applewood (pun on Hollywood)
Tall Tale
Dodge Junction/Dodge City (there is a city in Kansas named Dodge City)
Hoofington (pun on Huffington)
Foaledo (pun on Toledo)
San Franciscolt (pun on San Francisco)
Seaddle (pun on Seattle)
Whinneapolis (pun on Minneapolis)
Trottingham (pun on Nottingham)

Names that bronies have come up
Manechester (pun on Manchester)
Stalliongrad (pun

Canon cities: (or at least sort of, all of the names not mentioned in the show are found on officially-licensed merchandise)
Ponyville
Canterlot (pun on Camelot)
Cloudsdale (pun on Clydesdale, a breed of horse)
Appleloosa (pun on Appaloosa, another breed of horse)
Manehattan (pun on Manhattan)
Fillydelphia (pun on Philadelphia)
Baltimare (pun on Baltimore)
Vanhoover (pun on Vancouver)
Los Pegasus/Las Pegasus (pun on Los Angeles/Las Vegas)
Applewood (pun on Hollywood)
Tall Tale
Dodge Junction/Dodge City (there is a city in Kansas named Dodge City)
Hoofington (pun on Huffington)
Foaledo (pun on Toledo)
San Franciscolt (pun on San Francisco)
Seaddle (pun on Seattle)
Whinneapolis (pun on Minneapolis)
Trottingham (pun on Nottingham)

Names that other bronies have come up with that I've heard of:
Manechester (pun on Manchester)
Stalliongrad (pun on Stalingrad)

Coltlumbus (pun on Columbus)
Cincinneighti (pun on Cincinnati)
Indianeighpolis (pun on Indianapolis)
Albaneigh (pun on Albany)
Constantineighple (pun on Constantinople)
Timbucktu (pun on Timbuktu)
Djenneigh (pun on Djenné)
Piedras Neighgras (pun on Piedras Negras)
Neighton (pun on Dayton)
Istanbull (pun on Istanbul)

Names that have been made up:
Manenila (pun on Manila)
Marerogate (pun on Harrogate)
Cambraya (pun on Cambria)
Marescow (pun on Moscow)
Doneighgal (pun on Donegal)
Ullafoal (pun on Ullapool)
Yacoltsk (pun on Yakutsk)
Cake Town (pun on Cape Town)
Mareseilles (pun on Marseilles)
Rubicon (proposed name for the Crystal Capital, pun on the River Rubicon)
San Ferneighdo (pun on San Fernando)
Yocoltsuka (pun on Yokosuka)
Calmare (pun on what is apparently some place in Minecraft called Calmere)
Copeneighgen (pun on Copenhagen)
Chicacolt (pun on Chicago)
Tampa Neigh (pun on Tampa Bay)
Marewaukee (pun on Milwaukee)
Damarescus (pun on Damascus)
Mexicolt City (pun on Mexico City)
Neighjing (pun on Beijing)
Manebridge (pun on Cambridge)
Maregdeburg (pun on Magdeburg)
Hooferville (pun on Hooverville)
Maresaw (pun on Warsaw)
Bangcolt (pun on Bangkok)

Names of provinces or regions instead of cities:
Saddle Arabia (pun on Saudi Arabia)
Neighvada (pun on Nevada)
Prance (pun on France)
Gran Caneighria (pun on Gran Canaria)
Gasconeigh (pun on Gascony)
Fillypines (pun on the Philippines)
Californeigha (pun on California)
Germaney (pun on Germany)
Caneighda (pun on Canada)
Armanetina (pun on Argentina)
Coltington (pun on Washington)
Pranceylvania (pun on Transylvania)
Denmarek (pun on Denmark)
Haywaii (pun on Hawaii)
Idahoof (pun on Idaho)
Manetana (pun on Montana)
Neighsia (pun on Asia)
North and South Dakoata (puns on North and South Dakota)
Vermount (pun on Vermont)
Floridea (pun on Florida)
Rode Island (pun on Rhode Island)
Mane (pun on Maine)
New Hampsire (pun on New Hampshire)
Manepanga (pun on Pampanga)
Manegolia (pun on Mongolia)
Manenisota (pun on Minnesota)
Coltorado (pun on Colorado)
Hooflyn (pun on Brooklyn, a borough of New York)
Jamareca (pun on Jamaica)
Ponland (pun on Poland)

This is one I made up ! :
CanterBerry = Canterbury