Nanoha era una bambina allegra e credulona che poco dopo si trasformò in una Magical Girl grazie al suo famiglio furetto Yuuno, un archeologo di Midchilda che si trasformò in un bambino dai capelli biondi.
Insieme andarono a trovare i Jewel Seeds e Nanoha combatteva con un'altra bambina di nome Fate Testarossa insieme al suo famiglio Arf, una lupa che come Yuuno si trasformò in un essere umano ma a differenza di lui, lei aveva le orecchie e la coda da animale.
Fate doveva trovare anche lei i Jewel Seeds per sua madre violenta e depressa Precia Testarossa perché voleva rianimare la sua figlia deceduta Alicia Testarossa. Fate non era una persona normale, era una maga artificiale, infatti i maghi artificiali sono i cloni delle persone decedute.
Purtroppo il piano dei Jewel Seeds fallì e Precia si suicidò buttandosi giù insieme ad Alicia.

Furono trascorsi due anni.

Le principali Magical Girls sone le Three Aces formata da: Nanoha, una bimba credulona diventata Magical Girl grazie a Yuuno.

Fate Testarossa, una maga artificiale vittima di abusi fisici da parte da sua madre pazza dopo la morte di Alicia Testarossa, veniva adottata dalla Famiglia Harlaown composta da Lindy, madre single dopo la morte del suo marito Clyde e suo figlio di quattordici anni Chrono. Insieme a lei c'era suo famiglio Arf che dopo la tragedia di Garden of Time, la sua forma adulta non ce l'aveva più e quindi era costretta ad avere la forma di un cucciolo di cane.

Hayate Yagami, una bambina orfana costretta sulla sedia a rotelle, era sotto la protezione dei Wolkenritter che combattevano per lei, era cosciente che il completamenti del Book of Darkenss le garantirà un potere immenso, che potrebbe addirittura guarirne la paralisi, ma non era intezionata a farlo a scapito delle vite altrui. Dopo la morte di Reinforce e la nascita dep suo clone Reinforce Zwei, la piccola ricominciò a camminare e conobbe una bambina dai capelli biondi di nome Carim Gracia a scuola dove Hayate avrà una cotta per lei.

Di loro c'erano anche i Wolkenritters, personaggi del Book of Darkness e cavalieri di circa molti anni fa. Composti da Signum una ragazza carismatica e fredda dai capelli rosa accompagnati da una lunga coda di cavallo, lei combatte con una spada di nome Laevatein, Shamal una ragazza premurosa e gentile dai capelli corti biondi chiari durante il combattimento usò i suoi anelli per creare portali, Vita, una bambina di circa otto anni dal temperamento particolare, una che si scaldava facilmente e per combattere usa il suo martello Graf Eisen aveva i capelli arancioni e rossi accompagnati da due trecce e infine c'era Zafira, il famiglio dei Wolkenritters, egli aveva la stessa taglia di Arf prima della morte di Precia e la sua pelle era blu-grigia. Si trasformò in un muscoloso uomo dalla pelle scura con i capelli bianchi, ogni tanto aveva la sua forma da cucciolo per fare una passeggiata con Vita.
Quest'ultimi erano nemici di Nanoha e i suoi amici ma si erano pentiti per questa cosa. L'ultimo Wolkenritter era Reinforce che purtroppo morì e nacque il suo clone di nome Reinforce Zwei detta anche Reinforce II.

Le Materials erano tre ragazzi entrambi famigli di forma di un cucciolo di caracal. Stern era il clone di Nanoha, a differenza di lei aveva un carattere freddo e aveva capelli castani corti. Dearche era la Leader delle Materials, era il clone di Hayate che come Vita, si scaldava facilmente ed era l'unica che nel loro terribile passato, voleva salvare Yuri in un terribile esperimento, aveva i capelli corti bianchi e neri a punta. Infine c'era Levi, il clone di Fate, era una bambina affamata ed energica, aveva i capelli blu che portavano due code lunghissime.

Yuri era la padrona delle Materials, una bambina dai capelli biondi di carattere gentile e timido ed era segretamente innamorata di Dearche.

Un giorno, Nanoha doveva fare un nuovo esperimento, doveva iniziare a combattere dei nuovi nemici ma non nel loro universo, così chiese aiuto a Shamal che era l'unica ad aprire dei portali.
- Nanoha, é troppo pericoloso... - disse Fate con l'aria terrorizzata. Hayate si aggiunse: - Dobbiamo andare insieme! -
Nanoha accettò le due e chiese a Shamal di aprire un portale.
Shamal accettò la richiesta della piccola e Fate chiamò i famigli Arf e Yuuno per andare insieme con loro. Intanto Chrono insieme a sua madre Lindy ed Amy andarono nella loro navicella per aiutarle, stessa cosa li facevano pure i Wolkenritters e le Materials.
Prima di andare nell'universo diverso, Nanoha salutò Arisa e Suzuka, queste due erano molto vicine a Nanoha e gli altri.
- Suzuka dovremo andare da Lindy per aiutarle! - disse Arisa, era preoccupata per loro.
- Hai ragione Arisa, ma ho paura che loro avranno una brutta fine... - rispose Suzuka e disse anche: - Buona fortuna ragazzi, in bocca al lupo e state attenzione. -

Gli eroi andarono al portale ma qualcosa andò storto, il portale sembrava malfuzionante cosa che fecero portare alcuni di loro in altri universi, ma non era colpa di Shamal, c'era qualcosa che non funzionava sui suoi poteri.
- AAAAH AIUTOOOOO!! - Gridò di terrore Hayate.
- Sto per vomitare! - Urlò Fate in preda al panico.

Continua...