Am Anfang wird ein Ausschnitt aus einem Film gezeigt, wie ein Pokémon einen Meteoriten zerstört. Dann... Irgendwo in Hoenn, einer Region der Pokémonwelt... Eine Journalistin möchte mehr über das Verschwinden des Meteoriten erfahren und geht nach Moosbach City in ein Raumfahrtszentrum, um sich heimlich einen Film runterzuladen, der dort aufgezeichnet wurde. Sie findet heraus, das es sich bei dem seltsamen Pokémon um ein Rayquaza handelt, auf dessen Rücken ein Kind reitet. Mithilfe einer Attacke wird der Meteorit zerstört und ein Pokémon befreit... Deoxys. Dieses wird von Rayquaza bekämpft und anschließend mit einem Hyperball gefangen. Die Journalistin wird erwischt und flüchtet aus dem Zentrum. Ein Forscher ärgert sich, denn die Welt, so meint er, ist noch nicht bereit für solche Neuigkeiten, dass es im Weltraum Pokémon gibt.