Kalosregion - Team Galactic will eine neue Welt erschaffen. Meister Zyrus, Anführer des Teams, hat Palkia und Dialga, Meister des Raumes und der Zeit, unter seiner Kontrolle. Der Champ versucht Team Galactic aufzuhalten, doch ein Pokémon, das sich als Schatten tarnt, kommt ihm zuvor. Es befreit Palkia und Dialga und nimmt Zyrus mit in seine Welt. Zyrus erkennt, das diese Welt die Welt ist, nach der er gesucht hat. Sein Team versucht ihn völlig aufgelöst zu erreichen, doch es bringt nichts.