Esto ocurrió en Countdown to Final Crisis #23

Debemos entender que Mxyzptlk se encontraba en un estado deplorable cuando fue atrapado por Prime, habiendo perdido la mayoría de (o todos) sus poderes, y esto es algo que se reafirma en dos ocasiones.

 En el final del capítulo se nos dice que Mxyzptlk hubiera aniquilado a Prime de encontrarse en la plenitud de sus fuerzas.

También se da a entender que Mxyzptlk estaba esperando a que a Prime se le acabara el poder conseguido por el Guardián del Universo

lo que resulta lógico considerando lo ridículamente resistente que es Prime a la magia incluso sin dicho poder.