Winter Soldier Arc
(Dengan banyak perubahan dari kisah aslinya)
Peter pada akhirnya mendapatkan izin untuk keluar dari menara dan bersekolah seperti anak normal pada umumnya. Lagipula, Nick Fury sudah memastikan jika agen H.Y.D.R.A sudah tidak mengincar Peter lagi. Namun, Nick Fury tentu tidak selalu benar. Beberapa minggu setelah kali pertama Peter keluar dari menara, bahkan disaat ia bersama dengan Fury di perjalanannya saat pulang sekolah, beberapa orang menghalangi mobil mereka dan mencoba untuk menculik Peter.

Berhasil selamat, kali ini Peter, Steve, Tony, dan Natasha harus saling kejar mengejar dengan kepolisian NYC dan juga S.H.I.E.L.D yang sudah dikontaminasi oleh para agen H.Y.D.R.A. Seakan semuanya tidak lebih buruk, Steve menemukan seseorang yang sangat ia kenal, yang berusaha untuk mengambil anaknya.

"Bucky?"

.
.

Peter Benjamin Parker (Rogers - Stark)
Peter tidak pernah mengerti kenapa H.Y.D.R.A mencoba untuk menculiknya karena ingatannya menghilang. Ia adalah target utama dari Winter Soldier dan juga para agen H.Y.D.R.A selain flashdisk misterius yang diberikan Nick padanya.

Steve Rogers / Captain America
Ayah dari Peter; selain Peter, ia yang diincar oleh HYDRA. Ditengah pelarian mereka, ia menemukan seseorang yang seharusnya sudah tidak ada lagi di dunia ini. Terlebih muncul untuk mengambil anaknya.

Natasha Romanoff / Black Widow
Seseorang yang sudah dianggap tante oleh Peter, ia ikut membantu pelarian mereka dan mengenal sosok Winter Soldier yang mengejar mereka.

Tony Stark / Iron Man
Suami Steve dan juga ayah dari Peter. Untuk keamanan dan reputasinya, Steve melarangnya untuk ikut dalam pelarian itu. Namun ia membantu dari jauh, dan mencoba mengarahkan mereka pada jalan yang aman.

Bucky Barnes / Winter Soldier
Sahabat dari Steve yang seharusnya tewas 70 tahun yang lalu ketika mereka menjalankan misi ke markas Hydra karena terjatuh dari kereta. Namun, ia kembali sebagai agen H.Y.D.R.A yang bertugas menculik Peter.

Matt Murdock / Dare Devil
Ia memang cukup dekat dengan Peter sebelum ia kehilangan ingatannya. Namun, saat kali pertama ia bertemu dengan Peter yang hilang ingatan, Peter langsung bisa mempercayainya. Setelah Sam diketahui membantu pelarian Steve dan Natasha, mereka sempat bersembunyi di Hell's Kitchen dan dibantu Matt.

Sam Wilson / Falcon
Cukup dekat dengan Steve semenjak mereka sering lari pagi bersama. Disaat semua orang menjadi susah untuk dipercaya, ia satu dari sedikit yang membantu Steve untuk melindungi Peter. Selama para Avengers selai Tony sedang tidak berada di NYC.

Nick Fury
Direktur S.H.I.E.L.D yang dekat dengan Peter sejak ia mengantar dan menjemput Peter dari sekolahnya. Disaat penyerangan pertama dari H.Y.D.R.A untuk menculik Peter, ia bersama dengannya dan menyelamatkan Peter dari serangan itu.