Nhưng, không lâu sau đó, một cơn địa chấn đã xảy ra có tên gọi là “The Merge” khiến 16 vương quốc gộp lại vào Ninjago làm một trên bản đồ. Cơn địa chấn “The Merge” đã khiến nhà cửa, các thành phố lẫn lộn với nhau, thậm chí là sự mất tích. Các ninja cũng vậy, sau cơn địa chấn thì họ đã thất lạc nhau. Lloyd, người duy nhất còn ở lại tu viện và xem những thông tin lịch sử “The Merge” mà sư phụ Wu nghiên cứu trước khi nó xảy ra nhưng không có cách nào ngăn nó lại được. Anh cũng gặp lại Kai một cách khá bất ngờ khi Kai lái con tàu Destiny’s Bounty trở về và tìm những ninja khác mất tích, những tờ giấy Kai ghi lại và gửi về tu viện đều được Lloyd cất giữ cẩn thận. Không chỉ dừng lại ở đó, Lloyd tình cờ kết bạn và trở thành sư phụ bất đắc dĩ của Arin và Sora, những người được cho là sẽ trở thành những ninja thế hệ mới tiếp theo. Arin khá đặc biệt, anh là fan hâm mộ ninja và yêu thích Lloyd, điều đặc biệt hơn là anh cũng tự học Spinjitzu dù nó chưa hoàn hảo và cả cách ném Spinjitzu đặc biệt nữa. Ngoài ra, Arin đam mê làm bánh nướng và mong muốn ngày nào đó sẽ được giải nhất, Sora thì là bậc thầy công nghệ và sở hữu sức mạnh nguyên tố công nghệ do rồng Riyu liên kết. Suýt quên sự hiện diện của cả Wyldfyre – bậc thầy nguyên tố Nhiệt và thật ra họ còn gặp một bậc thầy Nguyên Tố Gió ở vương quốc Mây. Kể ra thì khá dài, việc gặp lại Kai, Nya, Zane, Cole quả là may mắn nhưng Jay thì tệ hơn, anh ấy đã mất trí nhớ. Giờ đây Lloyd, Arin và Sora sát cánh bên nhau bảo vệ loài rồng khỏi Imperium do nữ hoàng Beatrix đứng đầu, chúa tể Ras và cả tay sai Rapton, cả chuyện lấy lõi rồng ngay lúc này
BÊN TRONG PHÒNG THỬ NGHIỆM CỦA IMPERIUM
Nhà ảo thuật: Đây có phải là buổi tổng duyệt của ai đó, phải không?
Tiến sĩ LaRow: Tôi không chắc lắm…nhưng chúng ta sẽ không được mang đến phòng ngai vàng nếu như nó không quan trọng
Jordana: Dù sao thì tôi cũng đã sẵn sàng phục vụ nữ hoàng và dĩ nhiên là cả tiến sĩ LaRow nữa
Nữ hoàng Beatrix (xuất hiện trên ngai vàng): Thời gian đã đến rồi!
Nhà ảo thuật (phấn khích khi thấy 3 lõi rồng được mang đến): Một sự phơi bày kịch tính làm sao! Sự siêu việt một cách chân thật!
Nữ hoàng Beatrix: Cuối cùng thì ta cũng có thể thu thập đủ tất cả ba lõi năng lượng rồng rồi!
Tiến sĩ LaRow: Rapton làm được hử? Wow, trời ơi không ai ngờ tới luôn
Rapton: Thật sao? Bộ cô nghĩ Rapton sẽ không nghe sao?
Nữ hoàng Beatrix: Tiến sĩ LaRow, cô có nhận ra điều này nghĩa là gì không?
Tiến sĩ LaRow: Tôi biết! Cuối cùng tôi cũng có thể scan những dấu hiệu của các lõi rồng để xác định tần số thích hợp và bắt đầu thử nghiệm vũ khí địa chấn Merge! Có lẽ là chúng ta có thể thử nghiệm nó trong vòng vài ngày tới
Nữ hoàng Beatrix: Vài ngày? Bọn ninja đang trên đường tới đây, chúng ta sẽ thử nghiệm chúng ngay bây giờ!
Tiến sĩ LaRow: Nhưng thưa nữ hoàng, khả năng thất bại thê thảm có thể-
Nữ hoàng Beatrix: Đừng có nghi ngờ mệnh lệnh của ta! Bọn ninja và mọi thứ bọn chúng yêu quý sẽ bị loại bỏ hoàn toàn hôm nay!
Sau đó, tiến sĩ LaRow sử dụng vũ khí tối tân lắp các lõi rồng bên dưới khoang chứa năng lượng trước khi bắt đầu thử nghiệm
Jordana (để ảnh Lloyd vẽ mặt mèo lên): Nữ hoàng vạn tuế! Mục tiêu có hợp ý của Người không?
Nữ hoàng Beatrix: Hừm, hắn ta trông có vẻ yếu ớt một chút nhưng cái này chỉ để thử nghiệm thôi!
Trước khi kích hoạt, tiến sĩ LaRow thấy thông báo tín hiệu lỗi từ hệ thống, lõi rồng ở giữa rõ ràng đang có vấn đề
Nữ hoàng Beatrix: Cô còn đang chờ gì nữa? Vậy thử nghiệm đi
Tiến sĩ LaRow (chỉ lên màn hình hệ thống): Nhưng những cái này đang đóng một trong các lõi rồng đang phát ra một năng lượng khác so với những cái còn lại
Nữ hoàng Beatrix: Tất nhiên chúng có những năng lượng khác nhau bởi vì chúng là các lõi khác nhau! Thử nghiệm vũ khí đi! Làm đi!
Tiến sĩ LaRow (thở dài): Được thôi, chúng ta bắt đầu nào
Nữ hoàng Beatrix (đắc thắng sử dụng vũ khí tối tân chứa năng lượng lõi rồng, hướng thẳng về phía bức ảnh Lloyd): Ta sẽ xé toạc bọn Ninja một cách nhanh chóng bằng những vết nứt trong thực tại
Khi nữ hoàng Beatrix kích hoạt, lõi năng lượng rồng ở giữa đã phát ra năng lượng nhiễu so với hai lõi rồng còn lại tạo thành vụ nổ lớn ảnh hưởng cả vương quốc Imperium và cả con tàu Destiny’s Bounty mà nhóm ninja đang theo dõi
Nữ hoàng Beatrix (chống tay tỏ ra không hài lòng): LaRow! Cô, cô nói chúng ta có thể thử nghiệm nó mà!
Tiến sĩ LaRow: T-Tôi đã cảnh báo với Người..
Nữ hoàng Beatrix (bỏ đi trong sự tức giận): Cô đã làm cho ta thất vọng!   
Nhà ảo thuật: Buổi diễn tập công nghệ đó không tốt lắm! Ủa, Rapton? Rapton!
TRÊN CON TÀU DESTINY’S BOUNTY
Wyldfyre (theo dõi bằng ống nhòm cảm ứng): Vụ nổ đó có nghĩa là thứ gì đó nghiêm trọng đang thất bại ở trong! Tin tôi đi! Tôi rất rành mấy vụ nổ như vậy!
Lloyd: Có vẻ như đó là năng lượng lõi rồng! Tụi mình cần phải nhanh chóng vào trong đó thôi! 
Arin (vẫn nhìn qua ống nhòm cảm ứng): Nhưng tụi mình không thể bay vào trong đó vì có hàng rào năng lượng
NHÀ TÙ IMPERIUM
Nữ hoàng Beatrix: Thật không thể tin được! Một lũ kém cỏi bất tài! Toàn là những kẻ ngốc xung quanh ta!
Chúa tể Ras: Vâng, thưa nữ hoàng! Tôi biết Người xuống đây bởi vì Người cần sự giúp đỡ của tôi.
HỒI TƯỞNG LẠI QUÁ KHỨ
Chúa tể Ras: Hừ, họ đã không thể nhận thức lõi sức mạnh mà tôi từng đề nghị với họ! Công chúa Beatrix hay người là Cetrix
Nữ hoàng Beatrix: Ta không phải là người chị sinh đôi đáng ghét đó! Đừng có lẫn lộn tên của bọn ta như vậy! 
Chúa tể Ras: Tôi thành thật xin lỗi
Nữ hoàng Beatrix: Ta không thể bị thấy đang ở đây nên ta sẽ nói nhanh chuyện này! Chúa tể Ras, có lẽ cha của ta đã không hứng thú với lời đề nghị của ông về năng lượng vô hạn và việc chinh phục những vương quốc khác…Nhưng ta lại muốn
Chúa tể Ras: Người sẽ bất chấp lời nói đó của hoàng đế - cha của người sao?
Nữ hoàng Beatrix: Chị sinh đôi của ta được sinh ra trước ta chỉ vài phút thôi. Là đứa con đầu lòng, chị ta được thừa hưởng sức mạnh nguyên tố của cha ta, chỉ vài phút đó đã cướp đoạt sức mạnh đích thực và sự thiên vị của cha ta
Chúa tể Ras: Sức mạnh nguyên tố cũng chỉ giống như một trò bịp thôi, không phải sao? Ai đó có vẻ không xứng đáng có nó nên phải chấp nhận thôi
Nữ hoàng Beatrix: Không thứ gì trên thế giới này làm ta tức giận hơn là sự phô trương sức mạnh trắng trợn của chị ta. Chị ta chỉ sử dụng chúng chỉ để chọc tức ta, làm cho ta thấy nhục nhã và muốn lấy lòng cha của ta
Chúa tể Ras: Còn tôi thì cho là đứa con đầu lòng Cetrix cũng là người đầu tiên trong hàng kế vị ngai vàng
Nữ hoàng Beatrix: đúng vậy, chị ta sẽ trở thành nữ hoàng không để cho ta thứ gì cả!
Chúa tể Ras: Đúng là lãng phí tiềm năng đích thực của Người
Nữ hoàng Beatrix: hãy giúp ta chiếm ngai vàng. Khi ta trở thành nữ hoàng, ta sẽ cung cấp tài nguyên, những thứ ông cần! Ông sẽ bắt một con rồng cội nguồn cho ta và chúng ta sẽ chinh phục từng vương quốc một khác
Chúa tể Ras: Như người mong muốn, thưa nữ hoàng Beatrix 
HIỆN TẠI TẠI NHÀ TÙ IMPERIUM
Chúa tể Ras: Ta chính là người đã đưa người lên ngai vàng! Hãy trả tự do cho ta và chúng ta sẽ tiêu diệt bọn ninja. Chỉ khi đó Người mới có thể có được sức mạnh tuyệt đối!
TRÊN CON TÀU DESTINY’S BOUNTY
Kai (nhìn thấy các lính canh của Imperium thông qua ống nhòm cảm ứng và có ý tưởng tuyệt vời cần đến Wyldfyre)
Wyldfyre: anh cười kiểu đó là có ý gì!
Kai: Em biết tất cả những thứ mà khi nãy anh đã dạy em về việc tập trung vào chính mình và tìm thấy sự bình yên
Wyldfyre: Ừ?
Kai: Thì trong vài phút tiếp theo, anh cần em quên hết mấy chuyện đó đi
Wyldfyre: Thôi được, vậy thay vào đó tôi nên làm gì?
Kai: chơi tới đi!
Lính canh Imperium (bất ngờ khi nghe thấy tiếng Wyldfyre gầm lên như một con rồng và bắn ra một đống lửa do Kai tạo ra): Nó là một con rồng hả? Đang ở gần thành phố! Đi thôi!
Wyldfyre: Bùm!
Lính canh Imperium: Đâu phải con rồng đâu!
Wyldfyre: Nói gì đó?
Lính canh Imperium: Ờ, ờ tôi tính nói như vậy
Wyldfyre: Ăn lửa đi nè!
Cuộc chiến giữa nhóm ninja và các lính canh Imperium nổ ra, rất nhanh tất cả đều được xử lý gọn gàng và sử dụng ván trượt di động đến trước cổng Imperium
Kai (đưa Wyldfyre đi cùng bằng ván trượt): Wyldfyre! Hãy chú ý đó!
Wyldfyre: Tuyệt quá!
Arin (sử dụng vân tay của lính canh Imperium để mở): Cảm ơn anh bạn nhiều nha
Lính canh Imperium: Đừng khách sáo…(ngất tiếp)
NHÀ TÙ IMPERIUM 
Chúa tể Ras: Nếu như không phải nhờ tôi! Bây giờ chị của Người mới là nữ hoàng và Người sẽ không là gì cả, rồi sau đó Người chỉ là một thành viên rất tầm thường và vô hình trong gia đình! Người còn đang chờ gì nữa? Hiện giờ Người đang cạn kiệt năng lượng rồng rồi! Những bức tường đang sụp đổ xung quanh Người! Tôi đã nghe về vụ nổ đó và tôi biết mọi thứ đã không được suôn sẻ…Người cần tôi
Nữ hoàng Beatrix: Haha, ta không cần ngươi! Ta không cần bất cứ ai cả! Ta tới đây chỉ để cho bản thân ngươi một cơ hội để chuộc lỗi nhưng những gì ngươi làm đã chứng minh chính xác lý do ta nhốt ngươi vào đây! Là lý do ta nhốt bất cứ ai đã coi thường ta vào trong đây! Ngươi…là một tên lừa đảo, là một kẻ thất bại! Nếu như không phải nhờ ta thì ngươi vẫn đang lang thang trên con phố, không có quyền hành! Đừng bao giờ quên điều đó, chúa tể Ras
Lính canh Imperium: Thưa nữ hoàng Beatrix, có một nhóm nhỏ đã xâm nhập qua cánh cổng rồi
Nữ hoàng Beatrix: Bọn Ninja!!
BÊN TRONG CUNG ĐIỆN IMPERIUM 
Wyldfyre: Aiss, chúng ta có đang đi đúng đường không vậy?
Lloyd: Chúng ta cần tìm hiểu vụ nổ đó phát ra từ đâu! Nhanh lên
Lính canh Imperium (bao vây nhóm ninja): Thấy họ rồi nha! Đứng yên đó! Không thể nào lẻn vào Imperium mà không đánh động bọn ta vì sự có mặt của các ngươi đâu! Giờ thì mau đầu hàng và khiến điều này dễ dàng hơn đi nào
Arin: Haiz, thôi đi nào! Đội lực lượng thiếu niên vệ quốc Imperium nữa à?
Đội lực lượng thiếu niên vệ quốc Imperium tấn công lính canh Imperium trong sự ngỡ ngàng của nhóm ninja, nhất là Arin
Arin: Em có nhìn nhầm không vậy?
Wyldfyre: Hù, tôi muốn đánh lắm! Vậy mà…
Kai: Những đứa trẻ đó vừa cứu chúng ta, Wyldfyre!
Wyldfyre: Biết rồi nhưng tôi chưa được làm gì!
Một trong số đứa trẻ dẫn đường cho nhóm ninja rời khỏi thành phố
Arin: Tại sao đội lực lượng thiếu niên vệ quốc Imperium lại giúp chúng tôi?
Posipo: Vì bây giờ chúng tôi là lực lượng kháng chiến thiếu niên Imperium
Arin: Vậy à? Hay bỏ lỡ điều gì rồi?
Posipo: Nhiều thứ đã thay đổi từ khi Ninja giải thoát cho đám rồng! Sao các cậu trở lại Imperium vậy? Để hạ bệ nữ hoàng Beatrix hả? Chúng tôi có thể hỗ trợ và chúng tôi đang lên một kế hoạch
Lloyd: Thực tế chúng tôi đang tìm một thứ gì đó được gọi là lõi năng lượng rồng! Cậu có biết nữ hoàng đang giữ nó ở đâu không?
Posipo: Cái đó thì tôi biết! Ở phòng thí nghiệm hệ thống cao cấp Imperium nhưng các cậu không thể vào đó mà không có thẻ ra vào và chúng ta cần tránh tai mắt của các lính gác đang tìm các cậu
BÊN TRONG KHU THÍ NGHIỆM IMPERIUM
LaRow (chạy tới trước mặt nữ hoàng Beatrix): Dạ thưa nữ hoàng, hệ thống đã được sao lưu và đang hoạt động
Nữ hoàng Beatrix: Ta không quan tâm tới hệ thống của cô! Vũ khí của ta ra sao rồi!
Tiến sĩ LaRow: N-Như đã nói…số ghi kì lạ trước khi bắt đầu cuộc thử nghiệm! Giờ thì tôi biết lý do rồi..có vẻ do chúng ta đã chỉ có hai lõi rồng…lõi mà Rapton đem về chỉ là đồ giả thôi! Đó là lý do các số ghi năng lượng đã sai và nó cũng là lý do vụ nổ rất bất ngờ và gây thiệt hại
Nữ hoàng Beatrix: Lõi rồng giả? Rapton dối trá đó đang ở đâu?
Nhà ảo thuật: Đã không ai nhìn thấy vẻ mặt tự mãn của ông ta từ sau vụ nổ
Nữ hoàng Beatrix: Bọn ninja đã tiến vào Imperium! Ta cần vũ khí đó hoạt động! làm đi!
Tiến sĩ LaRow: Nếu như không có lõi rồng thứ ba thì sẽ rất khó có thể làm được
Nữ hoàng Beatrix: Khó có thể làm được? Các lõi năng lượng đó được tạo ra từ những con rồng cội nguồn. Chúng ta có một con rồng cội nguồn bị tống ra bên dưới thành phố chúng ta! Cô đang nói với chúng ta không có năng lượng để hoàn thành vũ khí này hả!
Tiến sĩ LaRow: Người biết chúng ta đã không thành công trong việc rút cạn năng lượng từ con rồng cội nguồn đó mà và nếu chúng ta rút cạn năng lượng của nó..việc thay thế lõi rồng thứ ba bằng năng lượng rồng thuần chủng có thể còn tệ hơn cái vụ nổ mà chúng ta từng có! Nó có thể phá hủy Imperium! T-Tôi không làm đâu!
Nữ hoàng Beatrix: Ngươi dám chống lại mệnh lệnh của ta?
Tiến sĩ LaRow: K-Không an toàn đâu, thưa nữ hoàng!
Jordana: Tôi có thể làm được!
Tiến sĩ LaRow: Cái gì!
Nữ hoàng Beatrix: Ngươi làm được?
Jordana: Tôi đã nghiên cứu rồng cội nguồn và tìm được những thiếu sót trong các phương thức của tiến sĩ LaRow! Tôi có thể hoàn thành thứ mà Người muốn
Nữ hoàng Beatrix: Làm đi!