W kaplicy znajdują się szczątki 40-70 tys. ofiar epidemii dżumy z połowy XIV wieku, wojen husyckich w XV wieku oraz wojny trzydziestoletniej w XVII wieku. Czaszki i kości zmarłych posłużyły jako materiał konstrukcyjny dla stworzenia niemal całego wystroju obiektu, w tym kapliczek, ołtarzy, żyrandoli, herbu rodowego książąt Schwarzenbergów oraz "podpisu" Františka Rinta, autora wystroju Kaplicy. Kutnohorskie ossuarium nie pełni funkcji sakralnych i traktowane jest jako ekscentryczna atrakcja turystyczna.