Sau sự xuất hiện của 3 chiếc MS mới, thế giới đột nhiên yên bình 1 cách kì lạ suốt 5 tháng. Khi người dân đang tận hưởng cuộc sống thì đột nhiên 1 loạt tên lửa từ trên trời bay đến Tokyo, gây nên hàng triệu mạng bị giết. Cả thế giới hỗn loạn và bắt đầu phát động MS đi gây chiến. Mĩ tấn công Đức, Pháp tấn công Ý, Nhật tấn công Nga, và Triều Tiên tấn công Úc. Cứ như vậy, các nước khác cũng nhảy vào theo và rồi ngày 11/3/2035, thế chiến 3 nổ ra.

Khi này những người dân phản đối chiến tranh bắt đầu kêu gọi Phantom War, cầu mong họ có thể chấm dứt thảm họa này, lời thỉnh cầu được đến tai của mọi người trong đội, họ liền tìm cách để chấm dứt cuộc chiến này. Suy cho cùng, họ vẫn phải dấn thân vào cuộc chiến, cả 4 phi công của Mungah đều bay xuống từng nơi để cản mọi cuộc chiến và trên phi thuyền mọi người đều cố phân tích những loạt tên lửa đó ở đâu. Ngày qua ngày, mọi người đều cực kì cố gắng phá hủy các MS mà không tổn hại đến phi công, cứ liên tục như vậy suốt 4 tháng, chiến tranh vẫn tiếp tục leo thang chứ không hề chấm dứt.

Cuối cùng, cả đội cũng tìm ra được vị trí phóng tên lửa, nhưng vấn đề lại xuất hiện khi họ không biết phải làm thế nào để thông báo cho mọi người biết. Chiến tranh cứ dần dần theo thang, 1 số người yêu chuộng hòa bình trong chính đã lập nên 1 tổ chức chống chiến tranh, và sắp tới họ sẽ tổ chức 1 cuộc họp tìm cách chống chọi thảm họa này. Khi điều này đến tai của Phantom War, mọi người tức tốc lái phi thuyền đến khu vực tổ chức cuộc họp nhằm góp phần cản chiến tranh. Ngày 5/12/2035, hội nghị diễn ra, khi cuộc họp đang thực hiện, đột nhiên cách cửa mở toang ra, phía bên kia cánh cửa là 1 cô gái cầm trên tay 1 sấp tài liệu để làm gì đó. Trong sự ngỡ ngàng của các người tham gia, cô gái lên tiếng:
-Tôi là Yuuki Von Island, con gái của Monsir Von Island, 1 chính trị gia yêu hòa bình. Hôm nay, tôi đến đây để thông báo cho mọi người biết thân phận thực sự của kẻ đã gây ra cuộc chiến vô nghĩa này. (Yuuki)
Mọi người trong hội nghị đều cực kì bất ngờ, sau khi định thần mọi người quyết định cho Yuuki phát biểu. Sau khi nghe bài luận của cô bé, cả hội đều đồng ý và cho Yuuki phát biểu cho toàn thể nhân loại.
-Hỡi tất cả mọi người trên thế giới này, kể cả những phi công của MS hãy nghe đây ! (Yuuki)
-Hở ? Yuuki ? (Shirou)
-Gì chứ !? Cô gái này là bạn của Shirou mà !? (Starklin)
-Thật luôn !? (Snake)
-Hừm, quả nhiên cô bé này là..(Shun)
-Thế giới này đang hòa bình, đột nhiên lại xảy ra 1 cuộc chiến vô nghĩa thế này, lý do tại sao ! Dĩ nhiên là do bọn khủng bố đã tấn công và cướp đi 2 bảo vật quý giá của nhân loại và sản xuất hàng loạt. Chúng ta hãy chấm dứt chiến tranh, và chúng tôi xin thề rằng, tụi khủng bố đó sẽ phải bị trừng phạt ! Nhân danh Phantom War !! (Yuuki)
Toàn thể mọi người đều la hét trong vui sướng và ai ấy đều hô to cái tên của Phantom War. Cuối cùng cuộc chiến tranh kết thúc, Yuuki trở thành người lãnh đạo cho tổ chức hòa bình Peace. Phantom War được chào đón như các vị anh hùng, và thế giới đã tạm được hòa bình.

Nhân loại sẽ không thể ngờ được, vũ khí tối thượng của bọn khủng bố Faust đang tiến đến trái đất....