Ngày 14/6/2034, tại nước Đức diễn ra 1 cuộc thí nghiệm loại Mobile Suit mới với tên gọi là Graze. Ở giữa khu vực trống, họ bắt đầu cuộc vận hành đầu tiên, chiếc Mobile Suit được khởi động 1 cách nhẹ nhàng và phi công đằng trong không cần Alaya-Vijana vẫn có thể điều khiển được. Khi cuộc thí nghiệm chuyển động kết thúc, các nhà khoa học bắt đầu thí nghiệm về khả năng chiến đấu thì đột nhiên ở trên trời xuất hiện 1 Mobile Suit kì lạ. Với sự ngỡ ngàng của các nhà khoa học, Mobile Suit đó vẫn tiếp tục bay xuống dù không có cánh.

Khi đó ở trong buồng lái, là 1 cậu thanh niên trẻ.
-Mungah Megado, Shirou Shuu, bắt đầu chiến dịch giai đoạn 1 ! (Shirou)

Chiếc Mobile Suit tiếp đất và thách thức với Graze, với sự kiêu ngạo của tên phi công trong Graze, hắn lao thẳng đến Megado. Graze tung ra 1 nhát chém nhắm thẳng vào đầu của Megado, nhưng Megado có thể dễ dàng tránh được nhờ hệ thống Alaya-Vijana, sau đó Megado phản đòn với 1 đường kiếm nhanh và dứt khoát làm Graze ngưng hoạt động, phi công điều khiển trong Graze vẫn sống sót vì Shirou tránh tấn công vào buồng lái.

-Nhiệm vụ giai đoạn 1, kết thúc ! Và tôi sẽ bắt đầu đến giai đoạn 2. Starklin, nhắm bắn cho cẩn thận đấy. (Shirou)
Dứt lời, Shirou lại bay lên trời. Với sự bất ngờ của các nhà khoa học, bọn họ bắt đầu huy động quân đội điều khiển các Mobile Suit chặn đường Megado, nhưng điều đó vẫn không ảnh hưởng và Shirou nhẹ nhàng phá hủy các bộ phận của những chiếc Mobile Suit đó. Khi gần đến được tầng khí quyển thì xuất hiện 1 Mobile Suit rất quen thuộc với Shirou.
-Blue Bat !? Là ngươi sao !? (Shirou)
Chiếc Mobile Suit từng chiến đấu cùng Shirou vào 13 năm trước khi cậu còn là 1 cậu nhóc 8 tuổi. Hành động của Shirou bị chậm lại do bất ngờ thì Blue Bat tung 1 cước dứt khoát vào Megado khiến Shirou bị thương nhẹ và Megado bị bay xuống đất. Thấy đồng đội bị tấn công, Starklin liền nhắm vào đầu của Blue Bat.
-Mungah Kakalors, Starklin Barinos, bắn hạ mục tiêu ! (Starklin)
Starklin bắt 1 viên đạn xé toạc cả không khí và trúng thẳng đầu Blue Bat khiến hắn không kịp phản ứng, tận dụng thời cơ Starklin bay đến chỗ Megado và bay về phi thuyền, cùng lúc đó Starklin cũng thông báo rằng nhiệm vụ kết thúc và chuyển sang giai đoạn 3.

Từ khắp bản tin trên thế giới, đột nhiên hệ thống truyền hình bị tấn công bởi 1 nhóm hacker và phát 1 thông tin cho toàn thế giới:
-Chào tất cả nhân loại trên thế giới, ta là Bekato Ceausescu, 1 nhà khoa học xuất chúng từng tham gia vào chiếc dịch chống người ngoài hành tinh 13 năm trước và cũng là người tạo ra 2 Mungah đầu tiên. Ta biết tất cả nước trên thế giới sau khi chứng kiến sức mạnh của Blue Bat và Red Bat thì chắc chắn các ngươi sẽ chạy đua vũ trang và sản xuất hàng loạt các Mobile Suit dựa trên 2 Mungah nguyên bản. Để chống lại chiến tranh, ta đã lập nên 1 nhóm khủng bố để ngăn cản các ngươi, và bọn ta chính là Phantom War ! Bọn ta sẽ chống lại chiến tranh và tìm kiếm hòa bình cho nhân loại, hỡi những kẻ thích chiến tranh, hãy chứng kiến cách bọn ta chấm dứt các người !!
Trên màn hình xuất hiện 1 đoạn băng của 1 lão già nào đó, lão công bố mọi thứ cho toàn thể nhân loại trên thế giới và cùng lúc đó bản tin thông báo hình ảnh của 2 chiếc Mobile Suit nhưng bị mờ vì bộ giáp phản quang học được sơn lên phần Munganium bao bọc bên ngoài. Và cuộc chiến phản chiến tranh bắt đầu.

Tôi là Yuuki, 1 học sinh đang học ở đại học năm 3 tại Úc. Năm 2021, khi nhân loại phải đối mặt với thảm họa ngoài vũ trụ, tôi đã bị chia cắt khỏi người bạn thơ ấu Shirou của mình, đến giờ cũng đã được 13 năm nên có vẻ như cậu ấy đã quên tôi rồi. Như mọi ngày, tôi vẫn trên đường về nhà thì vô tình bắt gặp 1 nhóm bạn cùng lớp đang bàn luận về tin tức hôm qua về nhóm khủng bố Phantom War, trong đầu tôi vẫn luôn nghĩ rằng đó chỉ là tin nhảm nên cũng không quan tâm mấy và tiếp tục trên đường về nhà. Đến 1 đoạn đường thì vô tình tôi nhìn thấy 1 cỗ máy to lớn đang phá hủy các tòa nhà, tôi sợ hãi và chạy đi xa nhưng cỗ máy đó thấy tôi và có ý định tấn công, khi này tôi nghĩ rằng: "Đời mình xong rồi ư...không....Shirou, cứu tớ !!"

Từ đằng xa xuất hiện 1 chiếc Mobile Suit bay đến tấn công thẳng vào cỗ máy to lớn kia, chính là Megado, vô tình Megado đã đến được đây và cứu Yuuki như duyên số. Megado xuất hiện với 1 phong thái uy nghiêm như 1 chàng hiệp sĩ.

Ở trong buồng lái, Shirou vô tình bị thu hút bởi cô gái bên dưới và nhìn vào cô ấy.
-Hửm ? Kia là...? (Shirou)
Chưa kịp suy nghĩ, Red Bat tấn công vào Megado và đẩy Shirou ra xa.
-Ouch ! Mày được đấy Red Bat !!!
Dứt lời và Shirou lao đến tấn công, 1 đòn tấn công nhanh và dứt khoát nhưng Red Bat vẫn né được, với kinh nghiệm chiến đấu của mình, Shirou nhận ra ngay rằng đó chính là hệ thống đáng ghê tởm: Alaya-Vijana. Ngay trong đầu Shirou liền nghĩ: "Là Alaya-Vijana sao ! Tch, sau bao nhiêu năm, bọn chúng vẫn nghiên cứu thứ này sao !" và tiếp tục tấn công Red Bat.

Tấn công nhiều lần nhưng vẫn không thành, Shirou bắt đầu thấm mệt và di chuyển chậm lại, lợi dụng thời cơ Red Bat tấn công Megado khiến Shirou bị thương. Cảm thấy hơi yếu thế, Shirou bắt đầu kết nối cổng Alaya-Vijana để tăng khả năng chiến đấu. Trong 1 khoảnh khắc, Shirou chém đứt cả tay của Red Bat, 1 đường chém mạnh tới mức cắt được cả lớp Frame cực kì kiên cố, sau đó Shirou kết thúc Red Bat với 1 phát đâm vào buồng lái, cuộc chiến kết thúc.

Trận chiến với Red Bat kết thúc, Shirou liền ra gặp cô gái trẻ đó và hỏi chuyện.
-Này cô gái ! Có phải cô tên là Yuuki không ? (Shirou)
Như một duyên số, Yuuki liền nhận ra ngay đó là người bạn thơ ấu của mình và lao đến ôm chặt Shirou không cho cậu ấy thở, Yuuki đã thể hiện rằng cô ấy rất nhớ Shirou sau 13 năm chia cắt, như 1 phản xạ Shirou cũng xoa đầu an ủi Yuuki như 1 người anh trai hoặc là 1 người yêu. Sau đó, Shirou dẫn Yuuki về phi thuyền, trên đường đi Shirou cũng giải thích mọi chuyện cho Yuuki và cô ấy cũng cảm thông cho Shirou.

Về đến phi thuyền, Shirou đứa Yuuki đến nhà bếp, nơi này đang có 1 cô bé đang nấu ăn cho mọi người để phục vụ bữa trưa.
-Này Atra, hôm nay lại có thành viên mới đó, nhớ hướng dẫn cho cô ấy nhé ! (Shirou)
Bước khỏi gian bếp là 1 cô bé học sinh tiểu học cùng 1 chiếc tạp dề trông khá dễ thương, vô tình Yuuki thốt lên:
-1 bé gái tiểu học á !? (Yuuki)
-Nè !! Em 18 tuổi đấy !! Không phải học sinh tiểu học !!! (Atra)
-Hahaha, 18 tuổi với cái thân hình thế thì ai mà tin chứ, nhiều khi em lại là học sinh tiểu học giả dạng. (Shirou)
-Nè ! Thôi điii !!! (Atra)
Từ phía bên kia hành lang đột nhiên xuất hiện 1 chàng thanh niên đến và nói:
-Hửm !? Con chuột kia lại mang thêm ai đó về à ? Haizzz tên "chuột" này rảnh thật ! (???)
-Thì sao chứ ? Điều này bình thường thôi ? Giúp bọn trẻ có cuộc sống hòa bình còn đỡ hơn thứ đam mê sức mạnh như anh, Snake. (Shirou)
-Kệ mày ! (Snake)
Nói xong và Snake lại đi mất, có vẻ như quan hệ giữa Shirou và Snake không mấy tốt đẹp cho lắm, sau đó Shirou dặn dò Atra và cũng quay về phòng nghỉ ngơi sau cuộc chiến. Atra cũng giải thích toàn bộ sự việc lẫn việc ngày đầu Atra gặp Shirou.

Sau khi xong cuộc thăm dò, Starklin cũng trở về phi thuyền và báo cáo cho thuyền trưởng Shumire, 1 vị thuyền trưởng giỏi giang và yêu chuộng hòa bình lãnh đạo nhóm Phantom War. Và giờ Phantom War lại gây chấn động thế giới sau màn xuất hiện đánh bại 2 Mungah đầu tiên của nhân loại. Và chiến dịch chống chiến tranh vẫn tiếp tục...