1. Độ trong của nước sẽ làm cho sóng âm không được khuyếch tán đủ để phản xạ về anten thu (yếu tố này ảnh hưởng không nhiều do trong nước có các hạt huyền phù giúp cho việc khuyếch tán)
2. Bọt khí sẽ làm suy giảm sóng phản xạ vốn đã yếu (không khi bị nén vô hạn)
3. Tàu bị nghiêng chúi lớn (chủ yếu với hệ thông hai anten) sẽ không thu được tín hiệu trở về.
4. Cấu trúc của dòng chảy đại dương. Khi hoạt động trên đại dương đương nhiên là ta không thể đo vận tốc tàu so với đáy mà chỉ so với các lớp nước có nhiệt độ khác nhau ở dưới đáy tàu khoảng 1m. khi lớp dưới chuyển động ngược với lớp bề mặt thì gây ra sai số.
5. Dòng xoáy tuy là it bị ảnh hưởng, nhưng với khu vực độ sâu bị hạn chế thì ảnh hưởng của nó tăng đáng kể nhất là khu vực có thủy triều thay đổi mạnh, khu vực cửa sông.
6. Nhiệt độ nước biển sẽ ảnh hưởng tới tốc độ truyền sóng âm ( khi nhiệt độ tăng mật độ vật chất giảm) sẽ gây sai số. Người ta khắc phục bằng cách đặt bộ cảm biến nhiệt để hiệu chỉnh sai số.
7. Trạng thái mặt biển, khi chạy xuôi sóng sẽ làm thay đổi vận tốc theo phương mũi lái hoặc theo phương ngang do véc tơ vận tốc tổng thay đổi

, nhưng bạn cần lưu ý:
- Tốc độ kế doppler có hai chế độ đo là tốc độ tuyệt đối (so với đáy) và tốc độ tương đối (so với nước)
- Tốc độ GPS là tốc độ tuyệt đối
- Khi đưa tốc độ vào ARPA người ta khuyên là nên đưa vào tốc độ của speedlog