Desde muy joven, Neji fue considerado como un genio natural. Su padre llegó a decir que el potencial de sus habilidades superaban de lejos los de cualquier miembro del Clan Hyuga, e incluso su tío le comentó que de todos los miembros del Clan, él había sido bendecido con la línea de sangre más fuerte de todas.   

Para poder dominar el Puño Suave el usuario debe tener un buen control y dominio del Sistema de Circulación de Chakra, por lo que Neji fue capaz de liberar chakra desde cada uno de sus Puntos de Chakra. Gracias a esto, pudo cortar sustancias a base de chakra e incluso impedir proyectiles. Continuamente el mantenimiento de esta expulsión de chakra permite detectar cualquier cosa que entra en su área inmediata, pero esto agota rápidamente las reservas de chakra como se ve durante la batalla contra Kidomaru. También fue capaz de controlar sus puntos de chakra de tal forma que puede liberar chakra por cualquier poro de su cuerpo e incluso desde todos sus puntos de chakra al mismo tiempo.  

Neji Hyūga era un shinobi ágil y veloz, capaz de combatir al tiempo que esquiva los ataques rivales, golpeando de manera fluida y continua sin dar al rival tiempo a reaccionar.  

Neji, al ser un miembro de la Rama Secundaria, no tiene derecho a aprender las técnicas más poderosas de los Hyuga, pero con su inteligencia, su brutal potencial y simple deducción, fue capaz de aprenderlas e incluso desarrollar nuevas técnicas en base a los conceptos del Puño Suave.

Su control incisivo del chakra le ha permitido colapsar el corazón o el cerebro de otra persona con un solo golpe al liberar una brutal cantidad de chakra en ambos órganos.  

El averigüó cómo se usan simplemente mediante la observación.

En la Segunda Parte, él fue capaz de usar los Ocho Trigramas Palma del Vacio que le permite expulsar chakra de la palma de su mano para atacar a oponentes fuera de su alcance físico.  

También fue considerado como el usuario del Byakugan más fuerte del Clan Hyuga.   

Neji era un experto en Taijutsu, el cual le servía para usar el Puño Suave, pero en caso de no querer o necesitar usar chakra, Neji podía pelear cuerpo a cuerpo con facilidad. Poseía una gran agilidad que, unido a su Byakugan, le permitía esquivar golpes de cualquier dirección, consiguiendo enfrentarse a decenas de Clones y derrotarlos. Era capaz de esquivar ataques en masa de maneras complicadas, pudiendo responder rápidamente con puñetazos o patadas.  

Neji poseía un gran ingenio. Fue capaz de comprender y dominar jutsus poderosos de su Clan por sí mismo con tan solo observarlas a pesar de que éstas no se debían enseñar a la Rama Secundaria. Gracias a su talento era capaz de ascender varios rangos hasta Jonin en unos pocos años. Demostró un gran conocimiento del cuerpo y su anatomía siendo capaz de localizar y golpear los puntos de chakra en medio de una batalla algo que sorprendió incluso a Kakashi.

Desarrolló su Byakugan por su cuenta. Gracias a su inteligencia podía analizar cualquier situación y luego contrarrestarla, siendo elegido capitán en varias misiones. También demostró conocimientos de técnicas de alto nivel como reconocer que la técnica del  Kamui era una técnica del Sharingan. Sus habilidades fueron tales que fue elegido como el líder del Clan Hyuga en la guerra.