Minh Thái Tổ 1 mặt giết nhiều đại thần giữ chức vị cao, 1 mặt phong cho 24 người con làm vương, trấn giữ các địa phương. Trong số đó, 1 số phiên vương có quân đội riêng. Minh Thái Tổ cho rằng làm như vậy có thể giữ vững được vương triều do mình dựng lên. Nào ngờ đâu làm như vậy, lại gây ra mối họa lớn sau này. Khi Minh Thái Tổ ngoài 60 tuổi, thái tử Chu Tiêu bị bệnh mất, con của Chu Tiêu là Chu Doãn Văn, cháu đích tôn của Minh Thái Tổ được lập làm hoàng thái tôn. Phiên vương ở các địa phương đại đa số đều là chú của Chu Doãn Văn, thấy địa vị kế thừa ngôi hoàng đế rơi vào tay đứa cháu, đều thấy không hài lòng. Đặc biệt là Chu Đệ, con thứ 4 của Minh Thái Tổ, được phân phong cầm quân giữ Bắc Bình (nay là Bắc Kinh) với tước Yên vương. Ông ta đã từng lập nhiều chiến công, nên càng không phục Chu Doãn Văn. Trong số con của Minh Thái Tổ, Chu Đệ là người thông minh, tài giỏi hơn cả. Theo kể lại, 1 lần Minh Thái Tổ ra cho Chu Doãn Văn 1 vế đối là "Phong suy mã vĩ thiên điều tuyến" (Gió thổi đuôi ngựa tung ngàn sợi (lông)). Chu Doãn Văn đối lại là "Vũ đả dương mao nhất phiến thiện" (Mưa xuống lông dê bốc mùi hôi). Minh Thái Tổ thấy câu đối dở quá, liền sầm mặt lại. Lúc đó, Chu Đệ đứng bên cạnh, liền nói: "Con cũng nghĩ được câu đối".

Minh Thái Tổ bảo ông ta đọc lên nghe thử. Chu Đệ đọc "Nhật chiếu long lân vạn điển kim" (Nắng chiếu vẩy rồng muôn đốm vàng). Vế đối của Chu Đệ rõ ràng nhằm nịnh nọt Minh Thái Tổ, khiến ông nức nở khen hay. Chu Đệ từ đó càng không coi Chu Doãn Văn ra gì. Tuy thật thà, nhưng Chu Doãn Văn vẫn thấy thái độ coi thường của Chu Đệ đối với mình. Trong đông cung của hoàng tôn, có 1 viên quan gần gũi là Hoàng Tử Trừng, thường giúp Chu Doãn Văn đọc sách. Một hôm, Chu Doãn Văn ngồi 1 mình bên cửa phía đông, cau mày thở dài. Hoàng Tử Trừng thấy Văn có điều gì u uất, liền hỏi điện hạ có điều gì buồn. Chu Doãn Văn nói: "Hiện nay trong tay mấy thúc phụ đều có binh quyền, sau này làm sao kiềm chế họ được?".

Hoàng Tử Trừng liền kể chuyện đời Tây Hán bình định cuộc loạn 7 nước như thế nào, rồi nói: "Lúc đó, chư hầu bảy nước như Ngô, Sở lớn mạnh như vậy; nhưng khi họ nổi loạn, Hán Cảnh Đế xuất quân, họ đều tan hết. Điện hạ là cháu đích tôn của hoàng thượng, sau này sợ gì họ làm phản". Chu Doãn Văn nghe nói, phần nào yên tâm hơn.

Năm 1398, Minh Thái Tổ mất, hoàng tôn Chu Doãn Văn lên ngôi. Đó là Minh Huệ Đế, lịch sử còn gọi là Kiến Văn Đế (Kiến Văn là niên hiệu của Minh Huệ Đế). Trong kinh thành có lời đồn đại là mấy vị phiên vương đang liên lạc với nhau, chuẩn bị mưu phản. Kiến Văn Đế nghe tin, rất sợ hãi, tìm Hoàng Tử Trừng đến nói: "Tiên sinh còn nhớ lời nói ở cửa phía đông không?".

Hoàng Tử Trừng nói: "Xin bệ hạ yên tâm, hạ thần làm sao quên được!".

Hoàng Tử Trừng ra khỏi cung, liền tìm 1 đại thần thân tín khác là Tề Thái cùng bàn bạc. Tề Thái cho rằng trong chư vương, Yên vương có binh lực nhất, lại có dã tâm lớn nhất, nên trước hết tìm cách trừ bỏ quyền lực của ông ta. Hoàng Tử Trừng không tán thành ý kiến đó, là cho rằng, Yên vương đã có chuẩn bị, nếu ra tay với ông ta trước sẽ làm rung động đến các vương khác, chi bằng hạ thủ các phiên vương vùng xung quanh trước. Chu Vương Chu Tiên là em Yên Vương Chu Đệ, có đất phong ở vùng Khai Phong. Nếu trừ bỏ Chu Vương thì không khác gì chặt đi  1 cánh của Yên vương, bước tiếp theo trừ bỏ Yên vương sẽ không khó nữa. Hai người bàn bạc xong, liền tâu với Kiến Văn Đế. Kiến Văn Đế rất tán thành, liền tạo 1 cớ, phái quân tới Hà Nam bắt Chu vương Chu Tiên giải về Nam Kinh, tước bỏ vương vị, bắt đi Vân Nam sung quân. Sau đó, lại tra xét hành vi phạm pháp của 3 phiên vương khác, đều tước bỏ vương vị của 3 người đó. Yên vương từ lâu đã ngấm ngầm luyện binh, chuẩn bị mưu phản. Để làm Kiến Văn Đế mất cảnh giác, ông ta vờ mắc bệnh thần kinh, suốt ngày nói năng lảm nhảm, có lúc còn nằm quay ra đất, mấy ngày liền không trở dậy. Kiến Văn Đế cử sứ thần đến thăm bệnh, lúc đó đang vào mùa nóng, Yên vương lại ngồi sưởi bên lò lửa, luôn mồm kêu rét. Sứ thần về tâu lại, Kiến Văn Đế cho rằng ông ta có bệnh thật. Nhưng Tề Thái và Hoàng Tử Trừng vẫn ngờ ông ta giả vờ. Một mặt họ cử người lên Bắc Bình bắt hết gia đình của Yên vương, 1 mặt ngầm hạ lệnh cho Đô chỉ huy sứ Bắc Bình là Trương Tiến đem quân tới bắt Yên vương, còn hẹn 1 số quan chức trong vương phủ của Yên vương làm nội ứng. Không ngờ, Trương Tiến lại đứng về phe Yên vương, nên đem mọi tình hình báo cho Yên vương. Được tin, Yên vương cho bắt hết các quan chức trong vương phủ làm nội ứng cho Kiến Văn Đế rồi tuyên bố khởi binh. Là 1 người thông minh, Yên vương biết rằng Kiến Văn Đế là hoàng đế hợp pháp, nếu công khai chống lại sẽ mang tiếng làm phản, không lợi cho mình. Ông ta liền lấy lý do "Thanh quân trắc", tức giúp Kiến Văn Đế thanh trừ các gian thần lộng quyền cạnh hoàng đế là Hoàng Tử Trừng, Tề Thái. Lịch sử gọi cuộc nội chiến này là "Tĩnh nạn chi biến" (tức sự biến "dẹp loạn").

Yên vương vốn giàu kinh nghiệm trận mạc, dưới quyền lại có nhiều tinh binh được huấn luyện tốt. Ông ta tiến xuống miền nam, nhanh chóng chiếm được 1 số cứ điểm, quan lại nhiều châu chuyện đua nhau ra hàng. Kiến Văn Đế hoảng sợ, liền cách chức Tề Thái, Hoàng Tử Trừng, mong Yên vương lui quân, nhưng Yên vương vẫn tiếp tục tiến. Cuộc nội chiến đó kéo dài khoảng 3 năm. Đến năm 1402, Yên quân gặp quân do triều đình cử lên tăng viện, đánh nhau kịch liệt tại Hoài Bắc, 1 số tướng lĩnh chủ trương tạm thời lui binh. Yên vương nói: "Lần tiến quân này, chỉ có tiến, không thể lui".

Không lâu sau, quân Yên cắt đứt đường tải lương của quân triều đình và mở cuộc tiến công ồ ạt. Quân triều đình thua tan tác. Quân Yên thế như chẻ tre, tiến sát tới thành Ứng Thiên. Kiến Văn Đế thấy tình hình nguy cấp, 1 mặt động viên tướng sĩ ra sức giữ thành, 1 mặt cử người gặp Yên vương xin hòa, tình nguyện cắt nhường đất đai, xin Yên vương lui quân, nhưng Yên vương cự tuyệt. Mấy hôm sau, đại tướng giữ kinh thành là Lý Cảnh Long mở cửa thành đầu hàng, kinh thành lọt vào tay quân Yên. Yên vương dẫn đầu vào thành, thấy hoàng cung bốc cháy đùng đùng, vội sai người đi dập lửa. Rất nhiều người đã bị chết cháy. Ông ta cho tìm tung tích Kiến Văn Đế. Có người báo: trước khi quân Yên vào thành, Kiến Văn Đế hạ lệnh đốt cung điện rồi cùng hoàng hậu nhảy vào lửa tự sát. Yên vương Chu Đệ lên ngôi. Đó là Minh Thành Tổ. Đến năm 1421, Minh Thành Tổ dời đô lên Bắc Kinh. Từ đó về sau, Bắc Kinh trở thành Kinh Đô của cả 2 triều Minh, Thanh.