Sau thất bại ở Yakesa, chính phủ Nga chưa cam chịu. Năm thứ 2 sau khi kí điều ước Nibusu, họ liền xúi giục thủ lĩnh bộ tộc Trugac (Chuẩn Cát Nhĩ – 1 chi của tộc Mông Cổ) là Gác Đan tiến đánh vùng Mạc Bắc Mông Cổ. Lúc đó, tộc Mông Cổ phân làm 3 bộ phận ở Mạc Nam, Mạc Bắc và Mạc Tây. Ngoài bộ phận Mạc Nam từ lâu đã qui phục triều Thanh, 2 bộ phận khác cũng đã tỏ ý thần phục. Trugac là 1 chi Mông Cổ ở Mạc Tây, sống du mục ở vùng Y Ly. Từ khi Gác Đan làm thủ lĩnh Trugac, ông ta có ý đồ trước hết kiêm tính các bộ lạc Mông Cổ khác ở Mạc Tây, sau lại tiến công bộ phận Mông Cổ ở Mạc Bắc. Bộ phận Mông Cổ này chống trả nhưng thất bại, mấy chục vạn người chạy xuống Mạc Nam xin triều đình Thanh bảo vệ. Khang Hy Đế phái sứ giả đến gặp Gác Đan, yêu cầu ông ta trả lại những vùng đã chiếm cho bộ phận Mông Cổ Mạc Bắc. Gác Đan cho rằng mình được nước Nga sa hoàng nâng đỡ nên rất ngạo nghễ, không những không chịu lui quân, mà còn lấy cớ truy kích Mông Cổ Mạc Bắc, ồ ạt xâm phạm Mạc Nam.

Khang Hy Đế triệu tập các đại thần tuyên bố sẽ ngự giá thân chinh đánh Gác Đan. Ông cho rằng Gác Đan hung hăng, dã tâm không nhỏ, đã đánh vào Mạc Nam thì cần phản kích. Năm 1690, Khang Hy Đế chia quân làm 2 cánh, cánh trái do Phủ Viễn đại tướng quân là Phúc Toàn thống lĩnh, từ Cổ Bắc Khẩu tiến ra; cánh phải do An Bắc đại tướng quân Thường Ninh thống lĩnh, từ Hỷ Phong Khẩu tiến ra; Khang Hy Đế thân dẫn quân chỉ huy phía sau. Cánh quân Thanh phía phải tiếp xúc với quân Gác Đan trước, bị đánh thua. Gác Đam dẫn quân tiến sâu vào, tới tận Nhan Bố Thông (nay là Khơ Sơ Khơ Thăng Xỉ thuộc khu tự trị Nội Mông), cách Bắc Kinh khoảng 700 dặm. Gác Đan dương dương đắc ý, còn cử người sang đòi quân Thanh phải giao kẻ thù của ông ta đang nương nhờ bên Thanh. Khang Hy Đế hạ lệnh cho Phúc Toàn phản kích. Gác Đan tập trung mấy vạn kỵ binh dưới chân Đại Hồng Sơn, phía sau có rừng cây che chở, phía trước lại có sông ngăn cản. Ông ta dùng hơn 1 vạn con lạc đà, trói chặt 4 chân phục xuống đất, trên lưng lạc đà có các hòm gỗ lớn, được bọc kín bằng chăn đệm ướt, xếp thành 1 bức thành lạc đà dài dằng dặc. Quân của Gác Đan ẩn nấp trong những hòm đó bắn tên và súng ra, ngăn cản sự tiến công của quân Thanh. Quân Thanh dùng pháo và sùng bắn đạn lửa bắn tập trung vào 1 đoạn thành lạc đà. Tiếng pháo và súng nổ vang trời dậy đất. Bức thành lạc đà bị vỡ 1 mảng, bộ binh và kỵ binh Thanh nhất tề xông lên chém giết. Phúc Toàn lại phái quân vòng ra cánh rừng phía sau đánh bọc lại, khiến quân Gác Đan tan tác, phải bỏ doanh trại tháo chạy. Gác Đan thấy tình thế bất lợi, vội cử 1 lạt ma đến trại Thanh xin hòa. Phúc Toàn ngừng truy kích, đồng thời tâu lên Khang Hy Đế. Khang Hy Đế hạ lệnh: "Mau tiếp tục truy kích! Đừng để trúng quỷ kế của giặc!". Quả nhiên, Gác Đan cầu hòa chỉ là kế hoãn binh. Khi quân Thanh được lệnh tiếp tục truy kích, thì Gác Đan đã dẫn tàn binh chạy về Mạc Bắc rồi.

Gác Đan chạy về Mạc Bắc, bề ngoài tỏ ý qui phục triều Thanh, nhưng vẫn ngầm chiêu binh mãi mã. Năm 1694, Khang Hy Đế hẹn Gác Đan tới hội kiến để lập minh ước. Gác Đan không những không tới mà còn ngầm cử người xuống Mạc Nam xúi giục phản loạn. Ông ta rêu rao là đã mượn được của nước Nga sa hoàng 6 vạn khẩu súng, sắp mở cuộc đại tiến công. Thân vương các bộ tộc ở Nội Mông Cổ tới tấp gửi thư cáo phát về Khang Hy Đế. Năm 1696, Khang Hy Đế ngự giá thân chinh lần thứ 2. Ông chia quân làm 3 cánh, Hắc Long Giang tướng quân là Tát Bố Tố tiến quân từ phía đông; đại tướng quân Phí Dương Cổ dẫn quân Thiểm Tây, Cam Túc xuất quân từ phía tây để chặn đường phía sau của Gác Đan; Khang Hy Đế tự dẫn cánh trung quân từ Độc Thạnh Khẩu tiến vào. 3 cánh quân có kế hoạch giáp công theo kỳ hẹn đã quy định. Cánh trung quân của Khang Hy Đế đến Khoa Đỗ, gặp quân tiên phong của địch, nhưng 2 cánh đông tây chưa tới kịp. Lúc đó có người nói nước Nga sẽ đem quân giúp Gác Đan. Một số đại thần đi theo có phần sợ hãi, khuyên Khang Hy Đế đem quân trở về Bắc Kinh. Khang Hy Đế nổi giận nói: "Lần này trẫm xuất chinh chưa thấy quân phản tặc đã lui quân, thì nói với thiên hạ thế nào. Thêm nữa, cánh giữa mà lui, phản quân sẽ đem toàn lực đối phó với cánh tây, cánh tây chẳng sẽ gặp nguy hiểm sao?".

Sau đó, Khang Hy Đế quyết định tiến quân tới Lỗ Luân Hà, rồi phái sứ giả đi gặp Gác Đan, báo cho ông ta biết tin Khang Hy Đế thân chinh. Gác Đan đứng trên núi quan sát, thấy cờ vàng tung bay, trận thế nghiêm chỉnh, vội rút bỏ doanh trại chạy ngay trong đêm đó. Khang Hy Đế vừa truy kích vừa thông báo gấp cho đại tướng Phí Dương Cổ ở cánh tây nhanh chóng đánh chặn. Gác Đan dẫn quân chạy suốt 5 ngày đêm, tới Chiêu Mạc Đa (nay ở đông nam Ulanbato, Mông Cổ) thì vừa gặp quân của Phí Dương Cổ. Chiêu Mạc Đa nguyên là 1 rừng cây lớn, phía trước có 1 dải đất rộng, vốn là chiến trường vùng Mạc Bắc. Phí Dương Cổ làm theo kế hoạch của Khang Hy Đế, bố trí mai phục trong vùng rừng rậm thuộc 1 ngọn núi nhỏ, và phái 400 quân ra nhử, vừa đánh vừa lui, dẫn phản quân vào vùng mai phục. Lúc đầu quân Thanh xuống ngựa đánh bộ, khi nghe hiệu tù và, liền nhảy lên ngựa, xông lên chiếm đỉnh núi. Phản quân tiến công lên đỉnh núi, quân Thanh từ trên đỉnh núi bắn tên và đạn xuống, 2 bên kịch chiến. Phí Dương Cổ lại phái 1 toán quân tập kích vào đoàn xe tải lương của phản quân, rồi trước sau đánh ép lại. Phản quân số chết, số đầu hàng. Cuối cùng Gác Đan chỉ còn có mấy chục kỵ binh, phá vây trốn thoát.

Sau 2 trận đánh lớn, tập đoàn phản quân của Gác Đan tan rã. Khang Hy Đế buộc Gác Đan đầu hàng, nhưng Gác Đan vẫn ngang ngạnh chống lại. Năm sau, Khang Hy Đế lại dẫn quân vượt Hoàng Hà thân chinh. Lúc đó, Y Ly, căn cứ địa cũ của Gác Đan đã bị người cháu là Sách Vọng A Na Bố Đản chiếm mất. Thân tín dưới quyền nghe tin quân Thanh kéo tới, liền lũ lượt đầu hàng, xin dẫn đường cho quân Thanh. Gác Đan cùng đường, liền uống thuốc độc tự sát. Từ đó về sau, triều Thanh lại khống chế được bộ phận Mông Cổ Mặc Bắc ở phía đông dãy An Tai, phong cho các quý tộc Mông Cổ tước phong và quan chức, đồng thời còn phái tướng lĩnh tới U-ly-y-a-su-tai để cai quản bộ phận Mông Cổ Mạc Bắc.

Về sau, cháu của Gác Đan là Sách Vọng A Na Bố Đản đánh chiếm Tây Tạng. Năm 1720, Khang Hy Đế lại phái quân viễn chinh Tây Tạng, đuổi Sách Vọng A Na Bố Đản đi, hộ tống Đạt Lai Lạt Ma đời thứ 6 về Tây Tạng. Sau đó, triều Thanh lại đặt đại thần trú tại La Sa, thay mặt triều đình cùng với Đạt Lai và Ban Thiền cùng quản lý Tây Tạng.