L'Histoire se déroule après X-men le commencement. Erik et Charles ont pris deux chemins différents, et  Charles ignore totalement où se trouve Erik à cause du casque qui le protège des intrusions psychiques de son ancien ami. 

Pendant ce temps, Lucy ; une jeune mutante, s'apprête ; si son plan fonctionne, à recouvrer sa liberté après de longues années.