· Tyrrant es el villano principal de la historia, después de que su padre fue destruido por los misteriosos magos que eran descendientes de los Primeros, Tyrrant fue alcanzado por la explosión que sufrió su padre y varios de sus seguidores lo encontraron y lo llevaron a un lugar seguro en el subterráneo, los miembros el consejo lo consideraron muerto ya que no encontraron su cuerpo luego de la explosión. La explosión le deformo casi la mitad de su rostro y usa una mascarilla para ocultar su identidad completa, vagando por las alcantarillas del subterráneo Tyrrant se encontró con el ente que controlaba a su padre, quien se hacía llamar "Omega", estaba débil por no poseer un cuerpo así que Tyrrant le permitió poseer el suyo. Con los pocos recursos que aun poseía Tyrrant logro instalar una base en uno de los edificios abandonados del subterráneo, contrato a varios hombres con las riquezas que aun poseía y logro encontrar y convencer a Clouse de trabajar para él.

· Krux y Acronix son hermanos gemelos que nacieron en una familia noble de linaje guerrera en Ninjago, luego de que su padres murieran por causas naturales Krux y Acronix se hicieron cargo de su hogar, formaron parte de las filas que protegían aun al rey de Ninjago pero luego de su golpe de estado Krux y Acronix se separaron mientras que Acronix acompañaba al príncipe Tyrrant y Krux se quedaba en Ninjago como el nuevo comandante de la guardia real, dio falso testimonio sobre que Acronix murió en el campo de batalla y que él fue quien erradico varias de las fuerzas que apoyaban al rey, incluso declaro que vio morir a Tyrrant. Luego de conseguir el puesto de comandante se convirtió también en el informante de Tyrrant, Krux se encarga de enviarle información valiosa del consejo y se encarga de que varios casos de Tyrrant no se revelen mucho al público y al consejo al interrumpir en los casos de Wu.

· Clouse es un ex científico que antes trabajaba en los laboratorios de la academia, pero luego de que Garmadon lo pusiera en su lugar luego de usar a varios de sus estudiantes como conejillos de indias en sus experimentos fue expulsado de la academia y se refugió en las cuevas del subterráneo donde elaboro su propio laboratorio al estudiar distintas criaturas y experimentar con ellas. Clouse se encontró con el príncipe Tyrrant en las alcantarillas del subterráneo, llevo a Tyrrant y a sus aliados hacia su guarida donde curo las heridas del príncipe y luego decidió ayudarlo en su regreso y conquista a la Ninjago. Omega le proporcionó información y materiales que usaban los Primeros para sus investigaciones y experimentos con la materia oscura.

· Samukai, Kozu, Cryptor, Skales son los principales líderes de las pandillas más poderosas que dirigen distintas áreas del subterráneo, Samukai, líder de los Skeletons, se ubica en el sur de la ciudad, Kozu, líder de Los Guerreros de Piedra en el oeste, Cryptor, líder de los Cyborgs Negros en el este y Skales, líder de los Serpentines, en el norte de la ciudad mientras que Tyrrant y sus hombres tomaron el área central de la ciudad. Los cuatro líderes no están muy de acurdo en todo, y no permiten que otros miembros que no sean de sus pandillas se metan en sus áreas, pero las cuatro pandillas comenzaron a trabajar al mismo tiempo con Tyrrant al vender y transportar Materia Oscura por todo el subterráneo.

· Aspheera es una maga que usa mucho de la energía oscura de la materia oscura, vivía en las calles robando y lastimando a personas con sus poderes para poder sobrevivir, pero Tyrrant la encontró y le ofreció trabajar para él, Aspheera no se negó y trabaja al lado de Tyrrant ayudándolo a aumentar la energía mágica en Omega y en la materia oscura, además ella le ayuda a Clouse en algunos experimentos. A veces incluso vende materia oscura en los mercados de la ciudad.

· Omega es una de las pocas entidades malignas que vagan por el planeta. Omega nació de la conciencia del rey de Ninajgo mas también ser moldeado por la magia de la semilla, logro escapar del cuerpo del rey antes de que los poderes de os misterioso magos Primeros acabaran con él, con pocas fuerzas vago por las alcantarillas del subterráneo y logro encontrarse con Tyrrant, hijo del rey de Ninjago. Tyrrant le permitió poseerlo y desde entonces Omega le brinda poderes mágicos a Tyrrant, a veces incluso Tyrrant deja que Omega posea y controle su cuerpo y esto se sabe si los ojos de Tyrrant cambian de color de su rojo habitual a un morado tenebroso.

· Pythor puede que no sea un verdadero villano, pero siempre que alguien le pague bien dejara que cualquier pandilla o líder malvado tome prestado su bar como base de información o como área de reuniones importantes y secretas. El Slither Pit es un bar en el cual operan peleas clandestinas, Pythor incluso obliga a varios de sus hombres pelear en el área de pelea y gana dinero con cada derrota. Incluso es capaz de hacer trampa en los combates. Pero su debilidad es que es un hombre de palabra, cuando un favor o un trato es realizado limpiamente, (o más o menos), Pyhtor revela toda información posible.