Tras despedirse de Iris y Cilan, Ash decide emprender un viaje a Kalos junto a una reportera pokemon Alexa. Al llegar, Alexa se separa y Ash intenta retar al primer gimnasio en la ciudad, sin éxito, tras ello conoce a los hermanos Clemont y a su hermana menor Bonnie Ash aprende lo que es la megaevolución gracias al profesor Sycamore y por culpa de otro de los planes del Equipo Rocket se ve obligado a detener a un Garchomp descontrolado de caer de la Torre Prisma, tras un incidente en la Torre Prisma, la fama de Ash y Pikachu aumenta, llamando la atención de una joven, llamada Serena, quien cree haberlo visto antes. Ash decide viajar a Ciudad Santalun por su primera medalla en donde conoce a Serena, Ash no reconoce a Serena, por lo cual ella decide acompañarlo junto con Clemont y Bonnie. Otra nueva compañera de viaje por Kalos de Ash, que al ser una reciente entrenadora Pokémon, tuvo que escoger un inicial de la región Kalos, siendo Fennekin. Ash combate por primera vez por la medalla Insecto, pero pierde contra Violeta, la líder de gimnasio, por lo que Ash volvió a combatir con ella ganando esta vez la medalla. Después Serena revela que Ash la ayudó años la cual Ash recibe de Serena un pañuelo, que Ash le había dado en su infancia, en un campamento del profesor Oak en Pueblo Paleta, para curarle la rodilla, y al escuchar eso se acuerda de ella y de lo que pasó. Ash la recuerda, haciendo que Serena comience a tomarle un cariño especial. Más tarde, Ash también es entrenado por Serena para competir en su primera carrera de Rhyhorn, aunque finalmente no queda en ningún puesto porque la carrera es saboteada por el Equipo Rocket. Más adelante, Clemont confiesa que es un líder de gimnasio pero como no tenía tiempo para sus otros proyectos creo a Clembot, un ayudante que controlaba el gimnasio por el, resolviendo el problema gracias a Ash, Luego de conseguir la túnica de barón en el Bastión Batalla, conoce a Grant el cuál se da a conocer como el líder del gimnasio de Ciudad Cyllage, Ash tiene su combate de gimnasio contra Grant, y la gana, mereciéndose así la medalla Risco su segunda medalla en Kalos. Tras vencer a Grant, conocen a Korrina la líder del gimnasio de Ciudad Shalour, y a su Lucario. Ash y sus amigos acompañaron temporalmente a Korrina de la lucarionita para que domine la megaevolución. Después de un reñido combate del Pikachu de Ash y el Mega-Lucario de Korrina, logra salir victorioso, recibiendo así la medalla Riña, su tercera medalla de Kalos para así poder partir hacia su nuevo destino Ciudad Témpera, donde triunfo con los movimientos tipo volador de sus Pokémon. Luego de que su amigo Clemont regresara a la Torre Prisma para prepararse para el quinto combate de gimnasio de Ash, el entrenador de Pueblo Paleta siguió entrenando hasta que llegó el día de su enfrentamiento. Tras un intenso combate, utilizando diferentes estrategias, resulta victorioso, obteniendo la medalla Voltaje. Después de liberar a su Goodra para cuidar el pantano donde vivía anteriormente, Ash reta a Valerie, líder de gimnasio de tipo hada, a un combate. Este combate resultó desafiante cuando su Hawlucha se enfrentó al Spritzee Valerie ante una desventaja de tipo. Aún así, Ash ganó y obtuvo la medalla Hada, su sexta medalla. Cabe destacar que en esa misma ciudad conoció a su nuevo rival, Sawyer. Después Ash gana su séptima medalla de la región de Kalos, la medalla Psíquica tras derrotar a los dos Meowstic de Olympia/Ástrid en un combate doble complicado en el Gimnasio Anistar. Antes de su enfrentamiento, Olympia predijo que el Frogadier de Ash iba a tener un poder superior a cualquier Greninja. Ash y sus amigos llegan a la Aldea Ninja, donde se reencontraron con Sanpei y sus amigos de la aldea, fueron a recordar sus recuerdos en una alcoba dentro de una cueva, es ahi donde ven las fotos de los ninjas y la leyenda de Greninja, luego cae por un pasadizo secreto donde están los hermanos de Sanpei y encuentran un combate contra otros ninjas misteriosos y es donde su Frogadier, Pikachuy el Greninja de Sanpei luchan contra un ninja (Heidayu) y su Bisharp. Ambos luchan por lo mismo, pero más tarde es detenido por el ninja Saizo y su Barbaraclepara proteger a Ash y Sanpei. Más tarde hablan sobre Kagetomo, quien secuestra a Hanzo, el líder de la Aldea Ninja, luego Heidayu vuelve a combatir contra Ash y Sanpei, el Bisharp casi debilita a Pikachu pero Frogadier lo protege y evoluciona a Greninja con el nuevo movimiento: shuriken de agua, luego Ash tuvo su metamorfosis afectiva con Greninja envuelto en un torbellino de agua y con shuriken de agua derrota a Bisharp. Al finalizar Ash y Sanpei se despiden y este último le desea buena suerte y a su Greninja. Mientras que Serena se convierte en exhibicionista Pokemon gracias a el, que en el transcurso del viaje logra reunir tres llaves de la princesa en las clase para principiante en la cual al llegar a la clase maestra ella pierde en la final contra Aria la actual Reina de Kalos. Después Ash combate contra Sawyer, Hawlucha derrota a Shelgon y Pikachu a Honedge, donde el último combate es entre Sceptile y Greninja, un combate de rivales Pokémon y después de un rato Greninja sale vencedor poco después de haber cambiado de forma a Greninja Ash. Más tarde se recuperan al centro Pokémon, y después de que el Equipo Rocket secuestra como siempre a Pikachu, sale Alain junto con su poderoso Charizard, quien los manda a volar y Alain le propone un combate a Ash, ya que vio el combate de antes y Ash acepta con gusto. El combate entre Mega-Charizard X y Greninja Ash tiene lugar, saliendo vencedor Charizard tras usar anillo ígneo. Al final se despiden y prometen volver a enfrentarse si se ven. Con el tiempo Ash se encuentra con la campeona Diantha donde harán un combate de medidas entre Greninja y Gardevoir, al principio es a favor de Gardevoir gracias a su velocidad, pero más tarde recibió algunos golpes y el Greninja de Ash se transforma, sorprendiendo a la campeona. El combate está muy parejo y reñido, cada vez al ir avanzando el poder de Greninja aumenta y es transformado por completo, incorporando un shuriken de agua gigante en su espalda, es ahí donde impacta contra la bola sombra de Gardevoir, pero el shuriken le da a Gardevoir recibiendo mucho daño y quedando casi debilitado, pero al final Ash se desincroniza de Greninja y se desmayan ambos. Tras las continuas derrotas que sufrió Ash contra Sawyer y Édel, el líder de gimnasio de ciudad Snowbelle, Ash se desanima, pero gracias a Serena que le recuerda su quien es y recuerdar lo importante que es el vínculo entre entrenador y Pokémon y domina la transformación de su Greninja. Gracias a este nuevo poder, logró obtener su última medalla y estaba preparado para regresar a Ciudad Lumiose y participar en la liga de Kalos. Los chicos llegan a la Liga de Kalos donde Ash es entrevistado por Malva es ahí donde un entrenador lo reta a un combate, pero es interrumpido porque Serena dice que debe registrarse para la liga, ahí, Ash se reúne con sus amigos y rivales, también Alain, cuando el combate entre Trevor y Alain el mismo retador que tiene a Furfrou lo reta otra vez, y Ash no tiene ningún remedio más que retarlo y ganar con su Pikachu, con sabores de ataques, después llega justo a Tiempo para retar a Tomo, Ash saca a Greninja y su rival a Altaria, Altaria logro asestar 2 golpes, después Greninja se transforma y logra vencer a Altaria de un solo Shuriken de agua, el resto de combate no es mostrado, igual paso a la siguiente ronda con una victoria 3 a 0. Ash logró entrar en la ronda semifinal donde hay combates 6 vs 6, pero recuerda que todavía tiene 5 Pokémon. Al atardecer, se encuentra con la camioneta que estaba Goodra para ser el Pokémon numero 6, pide su ayuda para las semifinales y final que son encuentros completos y Goodra está dispuesto a participar. Después de un épico combate contra Sawyer, donde utilizó estrategias insólitas como ordenar a su Pikachu que arroje un tronco para detener el escudo realdel Aegislash de Sawyer llegó la gran final de la liga contra Alain. Después de un parejo empate, ambos entrenadores utilizaron a sus últimos Pokémon: Greninja y Charizard respectivamente. Tras un brutal choque entre el anillo ígneo del Mega-Charizard X de Alain contra el shuriken de agua gigante de Greninja-Ash, terminó debilitado el último. De esta manera, Ash salió subcampeón por primera vez en una liga regional. Inmediatamente, Ash participó con sus Pokémon, sus amigos del viaje, los líderes de gimnasio de Kalos, los campeones de Kalos y Hoenn y Alain que se arrepintió de participar con el Equipo Flare, en detener el incidente del Megalito con forma de Zygarde. De a poco comienzan a reconstruir lo que quedó de la devastada Ciudad Lumiose donde todos cooperan con su reconstrucción y gracias a la felicidad de la gente al ver la actuación de Serena y Shauna. Serena toma una decisión la cual toma por ideal su siguiente viaje para ayudar y alegrar a las personas. Al final de su viaje Ash y sus amigos hablan con el profesor Oak y su madre. Ella menciona que Ash ya debe ir preparándose, a lo que él asiente y se dispone a ello. Al oír esto, Bonnie se siente triste. El Equipo Rocket le muestran a Giovanni mediante un proyector, un montaje falso sobre su participación en el gran combate contra el Equipo Flare para hacerle creer que ellos fueron los que acabaron con Lysandre Al finalizar la presentación Giovanni da su aprobación y les ordena que regresen a Kanto. Ash y los demás van al aeropuerto, en donde se anuncia que el vuelo hacia Hoenn es el próximo. Bonnie continúa estando triste, mientras el Equipo Rocket pasa corriendo a tomar su vuelo a Kanto. Luego nuestros héroes sacan a todos sus Pokémon para despedirse, pero Dedenne no quiere y huye. De inmediato van todos a buscarlo, pero él se sigue escondiendo. Pikachu lo encuentra y Bonnie expresa lo que siente haciendo que Dedenne acepte la despedida. Al regresar a la sala principal, mencionan por el megáfono el vuelo de Serena, quien se despide de Clemont, Bonnie y Ash.

—Gracias Ash, me alegra verte encontrado. Algún día quiero ser como tu. Cuando nos volvamos a ver te gustare en la persona que me abre convertido... Nos vemos. —Decia Serena.

Al irse Serena, ésta se confiesa ante Ash y le da un beso para sorpresa de todos. Y tras ese acontecimientos Ash y Clemont dan una última batalla como despedida. 
Baja las escaleras para ir a su avión, pero antes de irse sube rápidamente y besa a Ash en los labios para sorpresa de todos. Después salen Ash, Clemont y Bonnie viendo en avión de Serena irse. Finalmente Ash se va en el avión rumbo a Kanto, Clemont y Bonnie ven el avión de Ash y regresan al gimnasio. Así todos terminan Separados en la cual Ash regresa a Kanto...

To Be Continued.