Ban đêm tại các mái nhà của thành phố New York, có bốn chú rùa đột biến đang chạy nhảy trên đó bằng cách biểu diễn những kỹ năng điêu luyện của mình. Họ đang ăn mừng vì đã tiêu diệt được tất cả kẻ thù và muốn tận hưởng khoảnh khắc này càng lâu càng tốt

"Tuyệt quá!!!" Mikey la lên ngay khi cậu nhảy lên thật cao và xoay chiếc ván trượt 360 độ rồi đáp xuống mái nhà

Leo vẫn một bộ dạng nghiêm túc cần có của một đội trưởng, nhỏ giọng cảnh báo: "Mikey, đừng có gây chú ý chứ, chúng ta là ninja, chúng ta phải yên lặng"

"Thôi nào Leo, chúng ta vừa mới giải cứu thế giới xong, cậu phải tận hưởng đi chứ" Raph vô tư nói

Chợt không khí vui vẻ của cả bọn bị Donnie cắt ngang: "Chờ đã, mình quên mất có hẹn đến phòng nghiên cứu của tiến sĩ Rockwel rồi, chúng ta phải đi ngay

Raph mỉa mai: "Tưởng chỉ có hẹn với April mới khiến cậu khẩn trương như vậy chứ?"

"Ý cậu là hẹn hò hả? Mình cá là April cũng ở đó nên Donnie mới khẩn trương như vậy" Mikey hùa theo.

"Mình đang nói nghiêm túc đó, ông ấy chắc hẳn phải có chuyện rất quan trọng mới triệu tập chúng ta, đi nào!" Donnie nói rồi đi trước, mọi người nhanh chóng theo sau cậu ấy.

Thế nhưng, họ còn chưa đến được phòng thí nghiệm thì bỗng nhiên nhìn thấy trên mái nhà đối diện xuất hiện một đám người đang di chuyển rất nhanh, trong đó có một nữ ninja đang bị những kẻ che mặt đuổi theo. Cô mang theo một cái túi, có vẻ như có thứ gì đó rất quan trọng trong đó mà bọn người kia muốn sở hữu. Nữ ninja chạy đến một tòa nhà cao thì bị bao vây, cô đành phải chiến đấu nhưng bọn chúng quá đông khiến cô rơi vào tình thế khó khăn.

Các ninja rùa không thể đứng nhìn người gặp hoạn nạn được nên nhanh chóng chạy đến ứng cứu, họ chỉ dùng vài chiêu là có thể đánh bại được bọn chúng. Xong việc, họ đến gần cô gái muốn giúp cô, Leo đưa tay tỏ ý muốn đỡ cô dậy, nói: "Cậu không sao chứ?"

Nữ ninja có vẻ cảnh giác với họ, cô ôm chặt chiếc túi, lạnh lùng khước từ: "Từng chạm vào ta, ta không cần các ngươi giúp"

"Nè, bọn tôi đã cứu cậu đó!" Mikey bất bình nói

Donnie hiểu chuyện hơn, cậu ân cần hỏi: "Dù sao thì có chuyện gì vậy, bọn chúng là ai? Tại sao lại truy đuổi cậu?"

Đứng trước thiện ý của các ninja rùa, nữ ninja cuối cùng cũng đã bình tĩnh lại nhưng cô không muốn nói cho họ biết về chuyện của mình bèn bỏ lại một câu: "Không liên quan đến các cậu nhưng dù sao thì cũng cảm ơn vì đã giúp" dứt lời cô bỏ đi.

Các ninja rùa đứng trông theo không hiểu chuyện gì xảy ra nhưng rồi sau đó họ nhớ ra mình đã trễ hẹn ở phòng thí nghiệm liền tức tốc đi đến đó.

Tại phòng thí nghiệm, có bốn sinh vật đột biến đang ở đó bao gồm cá sấu Leaderhead, rùa khổng lồ Slash, chim bồ câu Peach và một tiến sĩ với hình dạng một chú khỉ đeo các thiết bị máy móc không ai khác chính là tiến sĩ Rockwel đang tập trung vào chiếc máy tính của mình. Tất cả bọn họ chính là đội đột biến - đồng minh của nhóm ninja rùa.

Chợt có một cô gái tóc cam đến gõ cửa sổ, khi được cho vào, cô nói: "Xin lỗi đã đến trễ, tôi có bài tập về nhà, các ninja rùa chưa tới sao?"

Người đó chính là April, cô cũng được hẹn đến đây để thông báo tin quan trọng

"Bọn mình tới rồi"

Vừa nhắc đã tới, các ninja rùa nhanh chóng tập hợp cùng những người khác, tiến sĩ Rockwel rời bàn máy tính, tay cầm một vật, vẻ mặt nghiêm túc nói: "Tốt, vậy thì chúng ta vào vấn đề chính thôi, tôi vừa phát hiện một mảnh kim loại ngoài hành tinh của Krang trong một lần đi tuần tra khu phố nhưng không phát hiện ra bất cứ dấu hiệu nào của chúng cả"

Donnie chống cằm, suy tư nói: "Không thể nào, chúng đã bị tiêu diệt hết rồi mà, quả cầu liên lạc ở chỗ bọn tôi cũng không còn hoạt động nữa. Trừ khi..."

"Trừ khi có ai đó đang nghiên cứu công nghệ của chúng với ý đồ xấu xa" Leo đưa ra suy đoán của mình

Tiến sĩ Rockwel nói: "Có thể là như vậy, nhưng nếu điều đó là sự thật có nghĩa là...chúng ta đã có kẻ thù mới rồi"