Ngày 1 tháng 8 năm 1999, Taichi cùng Yamato, Sora, Koushiro, Mimi, Takeru và Jou cùng nhặt được Digivice khi đi cắm trại đều bị cuốn vào Thế giới kỹ thuật số. Tại đó, cả nhóm gặp những Digmon đã chỡ sẵn để đồng hành cùng họ. Khi gặp nguy hiểm, Digivice của nhóm Taichi phát huy tác dụng giúp những Digimon tiến hóa lên thể cao hơn và mạnh hơn để chống lại kẻ thù. Cả nhóm tìm cách để trởi về thế giới thực và rồi dần nhận ra mình là những đứa trẻ được chọn để bảo vệ thế giới kỹ thuật số.

Nhóm Taichi sau khi lên đỉnh núi thì phát hiện mình ở trên đảo File tách biệt với đất liền, đồng thời phải đối đầu với Devimon trên hòn đảo này. Sau khi Devimon bị tiêu diệt, những đứa trẻ được chọn có thể kết nối được với Gennai, ông bảo nhóm bạn rời đảo đến lục địa Server để tìm thứ giúp cho Digimon của họ tiến hóa lên cấp cao hơn gọi là Huy chương. Đến lục địa Server, nhóm Taichi vừa tìm kiếm huy chương của mình vừa nhiều lần phải đối đầu với Etemon. Sau một lần tiến hóa sai, Taichi kích hoạt sức mạnh huy chương của mình giúp Agumon siêu tiến hóa để đánh bại Etemon.

Vamdemon sai PicoDevimon xẻ nhóm Taichi nhằm ngăn cản những đứa trẻ được chọn còn lại sử dụng sức mạnh từ huy chương, nhưng Taichi nhanh chóng quy tụ lại cả nhóm rồi đối đầu trực tiếp với Vamdemon. Gennai tập họp cả nhóm lại và yêu cầu tất cả bám theo Vamdemon trở về thế giới thực để tìm kiếm đứa trẻ được chọn thứ tám. Sau hai ngày tìm kiếm, Taichi biết được em gái cậu, Hikari, là đửa trẻ được chọn mà cả nhóm tìm. Sau khi nhận ra bản thân mình là Digimon của Hikari nên Tailmon, thuộc hạ của Vamdemon, quay lưng chống lại hắn. Wizarmon đờ đòn của Vamdemon chết thay cho Hikari khiến cô kích hoạt sức mạnh huy chương của mình giúp Tailmon siêu tiến hóa để tiêu diệt hắn. Sau đó Vamdemon hồi sinh lên cấp cao hơn nên Agumon và Gabumon tiến hóa vượt cấp để tiêu diệt hắn hoàn toàn.
___

Phim lấy bối cảnh 4 năm trước sự kiện trong Digimon Adventure tại Hikarigaoka, Nerima, Tokyo vào năm 1995. Đây là lần đầu tiên Taichi và Hikari thấy Digimon. Câu chuyện bắt đầu vào một đêm, Hikari lấy được quả trứng từ màn hình máy tính của nhà mình. Sáng hôm sau, cuộc sống hai anh em Taichi và Hikari đều bị xáo trộn khi quả trứng nở thành Botamon rồi tiến hóa lên Koromon. Tối hôm đó, Koromon tiến hóa thành Agumon và đưa Hikari đến trung tâm Hikarigaoka và đối đầu với Parrotmon. Agumon sau đó tiến hóa thành Greymon chiến đấu với Parrotmon trước sự chứng kiến của bọn trẻ sống ở xung quanh. Cuối cùng, Greymon đánh bại Parrotmon và cả hai cùng biến mất ngay trong đêm.
___

Phim được lấy bối cảnh vài tháng sau trận chiến cuối cùng với Apocalymon. Koushiro phát hiện một Digimon vừa nở ra từ trứng Digi là Kuramon vừa xâm nhập vào hệ thống mạng. Sau một thời gian ngắn, nó đã tiến hóa thành Keramon và ăn dần các dữ liệu ở đó. Không còn cách nào khác. Taichi và Koushiro cùng Agumon và Tentomon phải tiến hóa và chiến đấu trực tuyến với Keramon. Tuy nhiên, nó dần tiến hóa lần lượt lên thể Hoàn hảo và Cùng cực nên Taichi kêu gọi nhóm bạn hỗ trợ nhưng chỉ có Yamato và Takeru đến giúp. Agumon và Gabumon lúc ấy tiến hóa vượt cấp thành WarGreymon và MetalGarurumon chiến đấu với Diaboromon nhưng lại bị hắn đánh bại nhanh chóng và kích hoạt tên lửa hạt nhân ở thế giới thực. Lát sau, Taichi và Yamato vào thế giới số cùng chiến đấu với WarGreymon và MetalGarurumon dù cả hai đã tàn tạ. Nhờ sức mạnh của những người xem trực tuyến trận chiến, WarGreymon và MetalGarurumon hợp thể thành Omegamon và tiêu diệt Diaboromon. Còn tên lửa do hắn phóng thì rơi xuống vịnh Tokyo nhưng may mắn là nó đã không phát nổ.