Không ai biết nhiều về Alpharius, mọi thông tin về hắn đều được cung cấp bởi Inquisitor Kravin, người đã bị Alpha Legion làm suy đồi nặng nề và hiện không ai biết Kravin ở đâu. Bí mật lớn nhất của Alpha Legion là việc Alpharius có một người em song sinh tên là Omegon, đến nay người ta vẫn chưa rõ là Emperor có tạo ra Omegon hay không. Alpharius và Omegon đều là Primarch của Legion của mình, tuy nhiên, Alpharius là người đại diện cho cả hai và có vẻ như nắm quyền điều khiển Omegon. Họ được miêu tả giống như là "môt linh hồn trong 2 cơ thể" và thường được gọi luôn là Alpharius Omegon.

Alpharius là người cuối cùng được Emperor tìm thấy, vài thập kỉ trước khi Great Crusader kết thúc. Trong khi mọi Primarch khác được tìm thấy trên các hành tinh thì Alpharius lại tự đến đội tàu của Horus trong một khu vực chưa đặt tên. Sử dụng loại phi cơ xưa và nhỏ, Alpharius đột nhập vào tàu của Luna Wolves và gây sự chú ý ở Horus khi hắn tiến thẳng đến phòng điều khiển chính. Bốn người đi cùng Alpharius bị giết bởi Horus nhưng Alpharius tránh được phát súng thứ năm và tiếp tục áp sát Horus một cách không thể ngăn cản được. Tuy nhiên, khi gần đến đích thì Alpharius lẫn Horus đều dừng lại đột ngột, vui mừng vì họ bỗng nhận ra mối liên kết anh em của nhau, Horus đã cười rất nhiều vào ngày đó.

Hài lòng hơn cả mong đợi, thay vì gởi Alpharius về Terra để gặp Emperor thì Horus lại giữ hắn lại trong vài tháng. Cả hai hình thành một tình bạn mạnh mẽ, đều tôn trọng lẫn nhau mặc dù Alpharius từ chối nói ra tên hành tinh mẹ của mình. Sau đó, Alpharius tới gặp Emperor và tham dự vào những buổi tiệc lớn chào mừng người con trai cuối cùng của ông được tìm thấy, rồi Alpharius trở thành Primarch của Alpha Legion, dẫn dắt họ trong những năm cuối cùng của Great Crusade.

Tuy nhiên có vẻ như Alpharius không mặn mà lắm với việc chiến tranh mà tập trung vào triết học và văn hóa. Điều này đã làm Roboute Guilliman để ý và đến hỏi Alpharius nguyên do, một cuộc tranh cãi nảy lửa đã diễn ra với phần kết tiến tới khi Roboute dựa vào lịch sử của Legion Ultramarines, già hơn Alpha Legion gần hai trăm năm, làm Alpharius phải nín họng. Từ đó Alpharius tin rằng Roboute ghét mình và ông quyết định phớt lờ Primarch của Ultramarines.

Với việc hết sức thân cận với Horus, người ta tin rằng Alpharius theo phe Chaos trong Horus Heresy là điều hiển nhiên. Quả là có vậy, kế hoạch thảm sát ở Tsstvan V khi Horus công khai chống đối Emperor và tiêu diệt các anh em của mình là do Alpharius lập ra. Tuy nhiên, có một lý do khác làm Alpharius theo phe Chaos là trước Horus Heresy, 2 anh em song sinh đã có liên lạc với một tổ chức kì bí tên là Cabal, họ báo trước cuộc chiến tranh của Imperium sắp xảy ra cùng với giải thích gốc gác của Chaos. Người ta tin rằng Cabal đã thuyết phục Alpha Legion tham gia cùng Horus để tiêu diệt Emperor, đó là cách duy nhất để Chaos bị dập tắt hoàn toàn.

Trong sự kiện Heresy thì Alpharius lại tỏ ra thích chiến tranh nhiều hơn bằng nhiều trận đánh với các Legion trung thành. Ngay cả khi Horus đã bị giết và cuộc chiến tranh đã kết thúc thì Alpha Legion vẫn tiếp tục chiến đấu, mở đường càng ngày càng gần tới hành tinh của Ultramarines. Cuối cùng họ đã gặp nhau trên một hành tinh tên là Eskrador, ở đó, Alpharius và Roboute Guilliman đã có trận chiến tay đôi cuối cùng.

Trận chiến kết thúc với việc Roboute đâm xuyên cổ họng Alpharius và Ultramarines phải rút lên quỹ đạo vì sự tấn công dữ dội của Alpha Legion mặc cho Primarch của họ đã chết. Cho tới bây giờ, Ultramarines vẫn đặt dấu hỏi về cái chết của Alpharius và sự điên cuồng của Alpha Legion. Người ta cho rằng, chính Omegon đã lên lãnh đạo thay cho Alpharius.