Sau thời kỳ đá mới, các bộ lạc, thành bang khác quanh khu vực đồng bằng sông Sài Gòn sơ khởi cũng trỗi dậy hùng mạnh, Sài Gòn vừa phải đấu tranh lẫn hòa hoãn với các đối thủ của mình đặc biệt là bộ lạc Bài Râu phía Đông và bộ lạc Tân Lan ở phía Nam, có lúc Sài Gòn phải kết làm đồng minh với 2 dân tộc này để tránh xung đột quân sự.

1) Thường dân có vị trí xã hội nhất định

Sự ra đời của thể chế từ công xã nguyên thủy sang có giai cấp kéo theo một hậu quả là trong một thời gian ngắn kinh tế bị suy thoái, nó dẫn tới hậu quả là một mâu thuẫn lâu dài được bắt đầu.

Lúc này tại đồng bằng sông Sài Gòn tồn tại 2 giai tầng cơ bản là thường dân và quý tộc, các quý tộc có quyền lực chính trị, kiểm soát viện nguyên lão, quyền đó truyền lại cho con cháu, thường dân không có quyền can dự vào Viện nguyên lão.

Thời kỳ đầu vấn đề này hoàn toàn không có gì to tát bởi tầng lớp thường dân khi đó chưa có điều kiện kinh tế. Tuy nhiên sau thời công xã nguyên thủy, bắt đầu phát triển tầng lớp thường dân đông lên, số lượng người khá giả, địa chủ nhỏ, thương nhân, phú nông cũng đông lên, khi đã có quyền lực nhất định về kinh tế hẳn nhiên họ tiến tới đòi quyền lợi chính trị.

Sự suy thoái kinh tế vào thời điểm nền cộng hòa công xã nguyên thủy càng khiến mâu thuẫn gay gắt hơn, khi tầng lớp thường dân cho rằng chính sự độc truyền quyền lực chính trị của các quý tộc viện nguyên lão đã dẫn tới suy thoái kinh tế.

Năm 3.500 TCN, đại diện tầng lớp thường dân gồm các địa chủ nhỏ, dân khá giả, phú nông, nghệ sĩ độc lập tuyên bố sẽ rời Sài Gòn di cư sang vùng nếu sự bất bình đẳng về chính trị vẫn còn. Trong thời kỳ mà Sài Gòn vẫn tổ chức quân đội theo kiểu tự cấp tự túc này thì tầng lớp thường dân trung lưu có số lượng đông nhất trong quân đội, nếu họ rời đi về căn bản quân đội của Sài Gòn không còn hoặc suy yếu.

Sau nhiều tranh đấu cuối cùng tầng lớp thường dân buộc giới qúy tộc nhượng bộ, theo đó 2 ghế hộ dân quan sẽ được dành cho người có xuất thân thường dân.

Tới năm 3.449 TCN, số hộ dân quan xuất thân thường dân được tăng lên 10, được trao đặc quyền bất khả xâm phạm.

Nưm 3.471 TCN, các hộ dân quan xuất thân thường dân đồi hỏi phải có hội đồng người thường dân hoạt động bên cạnh các hội đồng qúy tộc đang tồn tại, ngoài ra họ yêu cầu công khai luật pháp và bãi bỏ quyền chỉ có các hộ dân quan quý tộc được phép diễn giả luật pháp.

Tới năm 3.450 TCN, bộ luật công khai thành văn đầu tiên của Sài Gòn được ban bố, nó được viết lên 12 chiếc bàn đá và trưng bày ở quảng trường, đây là cơ sở cho mọi luật pháp của Sài Gòn sau này.

Năm 3.421 TCN, các quan trông coi ngân khố đầu tiên được chọn ra từ người xuất thân thường dân.

Từ những năm 3. 367 TCN 1 trong 2 quan chấp chính theo quy định thì phải có 1 người là xuất thân thường dân.

Tới năm 3.287 TCN, luật Lạc Bảo được ban hành (Tên luật cũng là tên vị phán quan đề ra luật) luật này quy định cách bỏ phiếu của 1 khu vực bỏ phiếu, cách bỏ phiếu của hội đồng, thừa nhận quyền công dân và quyền lợi chính trị - khinh tế - xã hội của 1 bộ phận người bình dân.
Điều luật này về lý thuyết đã giải quyết 1 cuộc cách mạng xã hội mà ít gây đổ máu.

2) Mở rộng bờ cõi và xâm lược.
Trong thời kỳ này dù có lúc nhiễu nhương lẫn ổn định thì Sài Gòn vẫn mở rộng tầm ảnh hưởng lẫn sự bành trướng lãnh thổ của mình.


Về phía Bắc cuộc bành trước vượt qua sông Đồng Nai, chặn đầu thành phố Biển Khánh giàu có của Nại Đông, kiểm soát một mạng lưới đường giao thông lớn.


Cuộc chiến giữa Sài Gòn và Biển Khánh kéo dài hơn 40 năm, tới khi Lạc Tôn lên nắm quyền chấp chính ông đã tiến hành một cuộc chiến liên tục, thậm chí không ngừng nghỉ trong mùa thu hoạch. Vào năm 3.396 TCN lợi dụng một đường thoát nước quân Sài Gòn bí mật lẻn vào chiếm được thành Biển Khánh.

Với thắng lợi này chỉ sau 1 đêm lãnh thổ Sài Gòn đã rộng gấp đôi và đường vào Bảo Tàu được mở ra.

Tuy nhiên vài năm sau đó Sài Gòn lại phải đối mặt với hiểm họa mới là từ một nhóm bộ tộc Lâm Ninh tiến hành chinh phạt khắp đồng bằng sông Sài Gòn.

Sài Gòn trong cuộc chiến năm 3.390 TCN đã không đủ sức chống lại những người Lâm Ninh thiện chiến và đông gấp 2 lần, trong trận Môn Chi 15.000 lính đã bị tiêu diệt gần hết.

Lần đầu tiên trong lịch sử Sài Gòn thất thủ, cư dần đầu hàng, và phần lớn tháo chạy. Chỉ trừ đội Cấm vệ quân cùng một số nguyên lão trong đó có Lạc Tôn vẫn bám trụ quyết chống cự trên đồi Gò Cao và thật ngạc nhiên là họ cầm cự được tới khi cuộc cướp bóc và hủy diệt Sài Gòn của quân Lâm Ninh qua đi.


3) Làm chủ đồng bằng sông Sài Gòn

Quân Lâm Ninh rút đi sau hơn 30 ngày cướp bóc Sài Gòn, thành phố bị hủy hoại nặng nề, tuy nhiên Lạc Tôn đã kêu gọi cư dân Sài Gòn quay lại tái xây dựng thành phố.
Năm 3.378 TCN để đề phòng thảm họa Lâm Ninh, bức tường Lũy Bán Bích được xây dựng quanh Sài Gòn dày 3,6 m; cao 9 m; bao quanh một khu vực rộng 100 km2. Sài Gòn an toàn trước bộ lạc Lâm Ninh và Bì Bù


Tuy vậy sau đó thì các lộn xộn với các đồng minh của Sài Gòn lại xảy ra, sau một quá trình đàm phán hòa bình nhưng thất bại chiến tranh giữa Sài Gòn và đồng minh nổ ra, kéo dài 4 năm.


Cuối cùng năm 3.338 TCN Lạc Tôn chiến thắng, tất cả các thành bang đều nằm dưới quyền cai trị của Sài Gòn nhưng vẫn được tự trị.

Sau đó một cuộc chiến tranh khác nổ ra lần này là chống lại bộ lạc Lâm Ninh kéo dài gần 5 năm năm 3.321 TCN, Sài Gòn thắng một trận lớn là trận Lâu Bang.

Năm 3.290 TCN chiến tranh Sài Gòn - Bì Bù chấm dứt với phần thắng thuộc về Sài Gòn, lãnh thổ của bộ lạc Bì Bù sát nhập vào Sài Gòn.

Tới lúc này Sài Gòn thiết lập liên hệ với các thành bang Mỹ Công ở phía Nam đồng bằng sông Sài Gòn, năm 3.280 TCN Lạc Tôn gây xung đột với thành bang Tân Lan dẫn tới chiến tranh

Thành bang này thuê quân đội vua Kiến Trọng của Đức Trí giúp mình chống lại Sài Gòn.

Quân đội của Lạc Tôn lúc đó là đội quân tinh nhuệ nổi tiếng, với voi chiến trong đoàn quân của mình, Lạc Tôn đã chiến thắng và sáp nhập Đức Trí và Tân Lan.


Sau đó Lạc Tôn đã nhanh chóng điều chỉnh chiến thuật để dánh bại đội quân dùng trường thương và làm rối loạn đội voi của Bài Râu, Thủ Căng, Bảo Tàu. Sau đó Sài Gòn đã thôn tính thành công lãnh thổ của 3 bộ lạc trên.

Tới năm 2.982 TCN, Lạc Tôn đã gần như làm chủ hoàn toàn đồng bằng sông Sài Gòn. Đến thời điểm này lãnh thổ của Lạc Tôn (bộ lạc Sài Gòn) đã tiếp giác lãnh thổ của Âu Mã của bộ lạc Cần Thơ.