Vào bối cảnh mười bốn năm trước các sự kiện “Sonic the Hedgehog (Nhím Sonic)” và ngay sau “X-Men: The Last Stand (Dị nhân: Phán quyết cuối cùng)”. Sau khi bị Jean Grey – hay còn gọi là Dark Phoenix (Phượng hoàng Bóng tối) giết tưởng như không còn sống, Scott Summers (Cyclops) khi đó bất ngờ tỉnh dậy ở khu vực nông thôn hẻo lánh. Anh trở nên yếu đuối và dường như đã mất hoàn toàn khả năng bắn ra tia năng lượng từ mắt – điều đã từng khiến anh trở thành một trong những dị nhân mạnh mẽ nhất. Rồi Cyclops được một người phụ nữ cứu anh và không ai khác là Maddie Wachowski - người phụ nữ mạnh mẽ và giàu lòng nhân ái và sau này là vợ anh. Cô tìm thấy Cyclops khi anh đang nằm bất tỉnh gần một con sông và chăm sóc anh. Cyclops bắt đầu làm lại cuộc đời, giấu đi danh tính dị nhân của mình để tránh sự săn lùng của những kẻ muốn khai thác khả năng của anh. Từ đó, anh quyết định sống một cuộc sống yên bình với Maddie khi họ nảy sinh tình cảm.

Nhưng thời gian không kéo dài bao lâu, Eggman phát hiện ra danh tính thật của Cyclops và xác định anh là dị nhân tiềm năng có thể trở thành mối đe dọa hoặc lợi thế cho kế hoạch của ông. Eggman bắt đầu săn lùng Cyclops, dù anh đã mất đi năng lực, nhưng điều này không thể ngăn được Eggman vì ông tin rằng anh vẫn còn khả năng đó. Trong khi Eggman truy đuổi, Cyclops phải trốn tránh và bảo vệ Maddie khỏi những âm mưu bắt giữ của Eggman trong nỗ lực chiếm đoạt quyền kiểm soát, bắt đầu phát triển một loạt các cỗ máy săn lùng dị nhân, với mục tiêu tìm và đồng hóa các dị nhân để phục vụ cho mưu đồ của Eggman. Cyclops bị cuốn vào một cuộc săn lùng khi Eggman gửi các robot truy đuổi anh, buộc anh phải tái sử dụng kỹ năng chiến đấu và chiến lược thời còn là Cyclops, mặc dù không còn năng lực.

Cuộc đụng độ quyết liệt nổ ra khi Cyclops và Maddie thoát khỏi cuộc tấn công của Eggman, trong thời gian này họ biết đến và được sự giúp đỡ từ một tổ chức bí mật tên G.U.N (Guardian Units of Nations) – tổ chức chuyên bảo vệ dị nhân và những người có siêu năng lực khỏi sự tàn ác của các thế lực ngầm như Eggman. Từ đó, Cyclops dần hiểu ra rằng, cuộc chiến này sẽ không thể kết thúc chỉ bằng cách trốn chạy. Khi Eggman dần tiến gần đến việc bắt giữ Cyclops, Maddie bị bắt cóc nhằm buộc anh phải xuất hiện. Đối diện với nguy cơ mất đi người anh yêu, Cyclops quyết định đối đầu trực tiếp với Eggman, thậm chí chấp nhận đánh đổi cả tính mạng để cứu Maddie. Anh cùng với những người bạn mới mà anh gặp trong tổ chức G.U.N, đồng thời sử dụng kiến thức chiến đấu của một người từng lãnh đạo X-Men để đánh bại các robot của Eggman. Trận chiến cuối cùng Cyclops phải đối mặt với Eggman, nơi anh đã đánh bại ông bằng kỹ năng của mình, dù không còn năng lực dị nhân nữa.
Cyclops và Maddie trở lại cuộc sống bình yên, nhưng với những vết thương cả về thể chất và tinh thần. Họ quyết định dọn đến thị trấn nhỏ để bắt đầu một cuộc sống mới tại Green Hills, nơi mà Cyclops trở thành cảnh sát trưởng. Mặc dù cuộc đời anh đã thay đổi mãi mãi, Cyclops nay đã trở thành Tom Wachowski – một người bình thường với một quá khứ phức tạp và đầy đau khổ.

Mười bốn năm sau, hai người kết hôn và có cuộc sống hạnh phúc. Trong một lần trở về nhà sau công việc, Tom nghe thấy có tiếng động lạ trong nhà kho, anh cẩn thận bước vào thì im lặng khi phát hiện Sonic; Tom và Sonic nhìn nhau rồi cả hai hét toáng lên. Chính vì điều đó, sự hạnh phúc của Tom bị phá vỡ bởi Sonic khi cậu bước vào thế giới của anh, mở ra một chương mới đầy hành động và phiêu lưu.

Trong “Nhím Sonic”, Tom đã trở thành người bạn đồng hành quan trọng của Sonic trong cuộc chiến chống lại Eggman. Tuy nhiên, với tiền truyện này, chúng ta biết rằng Robotnik và Tom đã có một quá khứ đầy xung đột trước đó, làm tăng thêm chiều sâu cho mối quan hệ giữa hai nhân vật và đặt nền tảng cho cuộc đối đầu sau này.