Kudou Shinichi - thám tử trung học thiên tài của Tokyo, người đã giải mã rất nhiều vụ án lớn nhỏ dù đang trong độ tuổi "Ngồi ghế nhà trường", Sherlock Holmes của thời Heisei, người đã để lại rất nhiều tiếc nuối lẫn bất ngờ khi đột nhiên mất tích không một dấu vết. Anh ta đi đâu? Không ai biết, có người còn bảo anh ta đã chết. Cũng rất đáng tin nhưng không thỏa đáng, hay Shinichi đã chán ngán ánh hào quang thám tử rồi, chẳng ai rõ cả. 2 năm lẳng lặng trôi qua, dù có rất nhiều tin đồn, bằng chứng, lời kể, những bức ảnh chứng minh Shinichi đã xuất hiện tại một nơi nào đó, những thứ ấy nhanh chóng bị bác bỏ, dư luận đặt ra một câu hỏi rằng: "Shinichi đã đi đâu?". Điều đó trở thành một bí ẩn, một câu chuyện đã bắt nguồn từ 2 năm trước và đã chuẩn bị sang năm thứ 3. 2 năm trước, Kudou Shinichi được Toà án tuyên bố mất tích và chỉ 3 năm nữa thôi, tuyên bố đã chết sẽ được phát đi trên khắp lãnh thổ Nhật Bản.

Điều đó thật tàn nhẫn nhưng đó là luật pháp. Tuy nhiên đó cũng chỉ là câu chuyện của 2 năm trước, bây giờ, ngay tại nhà của Agasa Hiroshi (Bác Tiến sĩ), một thằng nhóc lớp 2 đang nhảy nhót vui cười và rất chi là vui vẻ, bộc lộ hoàn toàn sự hồn nhiên của mình ra bên ngoài, Edogawa Conan, thân phận tạm thời của Kudou Shinichi, sẽ chính thức biến mất sau vài ngày nữa thôi, khi thuốc giải hoàn thành. Đứng nhìn cậu, ông bác Tiến sĩ già đang nở ra 1 nụ cười tươi phúc hậu, ông mừng cho cậu, người sắp trở lại với thân phận bình thường. Kế bên ông là cô cháu gái (Haibara Ai), người tỏ vẻ không quan tâm, nhưng khoé miệng lại đang để lộ ra nụ cười nhẹ khi đang gọi điện thoại với một ai đó. Ngồi trên chiếc ghế sofa dài trong phòng khách là chị gái, người tưởng chừng như đã chết của cô, Miyano Akemi, dựa đầu vào anh bạn trai lạnh lùng đã xa cách một thời gian dài, phía đối diện ngay trước mặt mẫu thân của anh kiêm mẹ vợ kiêm dì của cô. Đứng xa một chút là đôi vợ chồng nhà Kudou, họ đứng đó với nụ cười niềm nở, nhìn vào cậu con trai của mình, nhìn vào những người có mặt tại phòng khách, một không khí thật là trầm ấm như một buổi họp gia đình.

Haibara cúp điện thoại, Conan, dường như ngay lập tức, quay mặt qua hỏi chuyện cô bé:

- Thế nào rồi, Haibara? Chừng nào sẽ có thuốc giải, khi nào tớ sẽ trở lại bình thường, và liệu rằng nó có hiệu quả chứ?

- Đừng nôn nóng thế Kudou, thật trẻ con! Chắc cậu mong ngóng ngày trở lại làm Kudou Shinichi lắm nhỉ?

- Tất nhiên rồi! 2 năm qua, tớ không ngày nào là mơ về ngày này! Nói tớ biết tình hình thế nào rồi đi!

- Rồi rồi, thuốc giải đã hoàn thiện rồi, dự kiến trong tối nay chúng ta có thể sử dụng luôn! Nghe nói thuốc lần này có tác dụng phụ nhưng có lẽ không ghê gớm lắm đâu! Cùng lắm thì liệt giường 2,3 ngày vì sốt thì cũng chẳng sao cả!

- Thật tuyệt vời!

Conan gần như hét lên, sự phấn khích bên trong con người cậu dường như không thể kiềm chế. Dáng vẻ của cậu khiến mọi người phải phì cười, ai có thể nghĩ rằng đó là cậu thám tử trung học lạnh lùng nổi tiếng cơ chứ!

- Nhìn em ấy hạnh phúc quá nhỉ, Dai-chan!

Akemi lên tiếng, và hướng về phía chiếc bàn ăn ở chính giữa ngôi nhà. Tất nhiên người cô gọi không phải là Moroboshi Dai, cái tên giả mà người yêu cô dùng khi thâm nhập vào tổ chức, mà nếu có gọi thì cô cũng sẽ dùng từ Dai-kun thay vào đó. Đúng vậy! Akemi sử dụng kun để phân biệt anh người yêu của mình với người bạn thân lâu năm kiêm ân nhân cứu mạng cô thoát khỏi tử thần ở bến cảng 3 năm trước. Người đó đang ngồi ở chiếc bàn ăn, dáng vẻ hao hao cậu thám tử Shinichi nhưng đôi mắt mở to trừng trừng nhìn về phía trước, thân hình cao gầy cảm tưởng như cột điện và mái tóc quắn xoăn tít vào nhau. Người đó chính là Dai-chan hay là Kurogawa Daimon, đặc vụ cấp cao của tổ chức G.S.F (Global Security Force - Lực lượng An ninh Toàn cầu), người đóng vai trò chủ chốt trong việc hạ bệ và quét sạch Tổ chức khỏi lãnh thổ Nhật Bản - Thánh địa của chúng, và cũng chính là anh họ của chàng trai 17 tuổi trong xác thằng bé 7 tuổi đang nhảy nhót đằng kia.

- Dù sao thì cũng đã phải chờ 3 năm, phấn khích quá cũng phải. Tuy nhiên, nhóc cũng nên cầu trời đi, lỡ thuốc giải trên đường vận chuyển gặp sự cố hay công hiệu mất tác dụng thì thôi rồi đấy! - Daimon đáp lời cùng một nụ cười khá là nham hiểm trên môi khiến Conan thất kinh hồn, ngay lập tức dừng lại hành động nhảy nhót của mình mà ngồi xuống cầu nguyện khiến mọi người cười khổ.

- Có vẻ mọi chuyện đã êm đẹp rồi nhỉ! Nhưng mà cũng chưa kết thúc phải chứ? - Yusaku lên tiếng, hướng về phía Daimon.

- Vâng, đúng vậy thưa chú! Karasuma Renya đã chết, đó là điều chắc chắn nhưng Tổ chức thì chưa đi theo hắn đâu! Tàn dư của bọn chúng vẫn đang rải rác khắp Nhật Bản! E rằng khi trụ sở chính sụp đổ, lũ Tổ chức còn lại trên khắp thế giới sẽ manh động hơn! Vodka tuy đã bị bắt nhưng tuyệt nhiên không khai gì tuy đã bị bứt cung, Rum hiện tại đã trốn thoát sang nước ngoài! Mối bận tâm duy nhất hiện giờ của chúng ta chính là hắn! - Daimon cầm con dao ăn bằng bạc lên ngắm nghía, đáy mắt loé lên một tia kì lạ - Gin!

- Không sao hết đâu! - Conan bỗng chốt lên tiếng - Một khi em quay trở lại hình dáng thật sự, em sẽ ngay lập tức lên đường truy bắt hắn! - Khẳng định lại quyết tâm của mình cùng đôi mắt kiên định ấy. Daimon cuối cùng vẫn phải thở dài, thầm nghĩ chịu thua thằng em trai nhưng trong lòng lại đang nghĩ khác, có vẻ Kudou Shinichi đã trưởng thành hơn rất nhiều rồi.

- Tổ chức đã bị đánh bại nhưng tàn dư của bọn chúng cũng rất nguy hiểm! - Sera Mary hay Akai Mary lên tiếng. Mẹ của Akai Shuuichi chính là người đầu tiên trở về hình dáng cũ của mình thành công nhờ vào tài liệu được gửi đến MI6 trong quá trình hợp tác cùng G.S.F. Cơ quan Tình báo Anh Quốc chính là những người đầu tiên chế tác thành công viên thuốc giải APTX-4869 và Akai Mary trở thành thử nghiệm của họ, may mắn là đã thành công.

- Có lẽ đã đến lúc rồi! - Mary thì thầm rồi hướng ánh mắt về phía Akemi nói - Akemi! Con hãy đến Anh Quốc sống cùng cô nhé! - Với giọng điệu khá lạnh lùng, Mary đưa ra lời đề nghị.

- Ý mẹ là gì? - Shuuichi nhanh chóng vấn đáp mẹ mình trước khi người anh yêu kịp lên tiếng - Ý mẹ đã rõ ràng như thế rồi! Đưa Akemi và Shiho đến nước Anh lánh nạn, vừa cách xa một Nhật Bản đang nguy hiểm và hỗn loạn vừa đảm bảo an toàn tối đa! Mẹ sẽ không cam lòng nhìn những đứa con của em gái mình chết đâu! - Mary cương quyết nói, nhìn cậu con trai mình

Shuuichi nhíu mày, lời mẹ anh nói rất đúng, Nhật Bản quá nguy hiểm, hơn nữa, anh cũng thật sự cầu mong người con gái ấy được hạnh phúc. Khẽ liếc mắt sang Akemi, cô gái tỏ vẻ kinh ngạc nhưng rồi lại tỏ vẻ rầu rĩ đượm buồn, cô biết điều đó tốt cho cô nhưng cô không muốn đi. Akemi là một cô gái mạnh mẽ dù vẻ ngoài cô không toát ra được sự mạnh mẽ ấy. Nhưng mọi người đều biết Akemi đã phải gồng mình lên tồn tại trong cái thế giới chết chóc mà con người ta có thể chết lúc nào không hay. Vì thế cô gái ấy không muốn phải chạy trốn, cô muốn mạnh mẽ đứng lên đối diện với quá khứ của mình. Akemi hướng mắt sang cô em gái của mình, 2 chị em nhìn nhau trong chốc lát rồi khẽ cười mỉm gật nhẹ đầu dường như đã có câu trả lời nhưng rồi trước khi cả hai kịp lên tiếng...

- Cháu lại không nghĩ như thế đâu, Akai-san! - Daimon lên tiếng, đứng dậy khỏi chiếc ghế và tiến lại gần Mary - Cháu đồng ý với cô rằng tàn dư của Tổ chức tại Nhật Bản hiện giờ rất nguy hiểm. Tuy nhiên, Nhật Bản cũng chính là sân nhà của bọn chúng, mất đi rồi hiện tại đám tàn dư sẽ không dám manh động đâu. Không còn được các quyền lực đen chống lưng, thằng ngu cũng biết hiện tại Tổ chức cần cấp bách xây dựng lại chứ không phải vác súng đi trả thù! Chị em nhà Miyano có thể an toàn lưu trú tại Nhật Bản mà không cần phải lo sợ bọn chúng trong tương lai gần!

Mary khẽ mỉm cười hỏi: Thế còn tương lai xa thì sao? Cậu định làm gì bảo vệ chúng nó khi Tổ chức trở lại? - Cô chất vấn Daimon, thái độ kiên quyết không nhường nhịn, Mary thật sự dành lòng yêu thương nhất định cho 2 đứa cháu này.

- Cô không phải lo đâu! - Daimon khẳng định chắc nịch - 100 năm sau bọn chúng cũng sẽ không khôi phục lại được đâu vì đã có cháu ở đây rồi! Cháu dự định sẽ ở lại Nhật Bản để diệt tận gốc bọn chúng! - Daimon quyết tâm, ánh mắt anh nhìn Mary khiến cô có chút dao động. - Với cả ...! - Daimon tiếp lời, quay sang Akai Shuuichi.

- Nhiệm vụ bảo vệ cô chị hình như đã được tiếp nhận khi cháu đưa Akemi về Nhật Bản rồi thì phải? - Daimon mỉm cười xảo quyệt khiến cho Shuuichi phải nhíu mày trước ánh nhìn đó còn người yêu của anh phải ngượng đỏ cả mặt. Tuy nhiên, Mary đã phải mở tròn mắt ngạc nhiên nhìn thằng con trai của mình.

- Shuuichi, chẳng lẽ nào con...! - Nhưng bà chưa kịp hỏi xong câu thì tiếng chuông nhà đã vang lên kèm tiếng thông báo G.S.F đã đưa thuốc giải đến.

Edogawa Conan, người nãy giờ háo hức đến mức đã thay luôn bộ quần áo dành cho người lớn, nhanh chóng tuôn cò chạy vụt ra cửa nhận hàng.

- Làm gì mà hấp tấp thế chứ? Đằng nào cũng trở lại hình dáng cũ mà! - Haibara chạy theo, mỉm cười hỏi thằng bạn của mình

- Xin lỗi xin lỗi, tớ không thể chờ thêm được nữa! - Nói rồi, Conan nhanh chóng mở hộp thuốc giải ra và nhanh chóng cho một viên vào miệng mình. Cảm nhận được sự nóng ran phát ra từ cơ thể, trái tim đập ngày càng nhanh hơn, Conan rất phấn khích khi cơ hội quay trở lại làm Shinichi đã ở ngay trước mắt. Tuy nhiên, một hiện tượng mới đã xuất hiện ở lần uống thuốc này, tầm nhìn của Conan vốn dĩ đã rất mê mang bây giờ lại mang một màu đỏ rực. Cảm thấy kì lạ, chàng thám tử nhí ngước mắt lên nhìn mọi người và trong tầm mắt, Conan nhìn thấy vẻ mặt hốt hoảng của Haibara và cha mẹ mình, nét mặt kinh hoàng của Tiến sĩ Agasa và vẻ mặt "Chuyện quái gì vậy" của Kurogawa Daimon, đó là tất cả những gì xảy ra trước khi Conan xụi dần vào cơn hôn mê bất tỉnh.