La Ley 31/2003 de conservación de la fauna silvestre en los parques zoológicos y que rige los delfinarios en España, establece que los zoos deben desempeñar un papel en la educación pública, la investigación científica y la conservación de las especies. Los siguientes datos ponen en duda estas finalidades en la manutención de cetáceos en cautividad.

Conservación:

La mayoría de los centros que mantienen cetáceos en cautividad afirman jugar un papel en la conservación de estas especies. Sin embargo, los delfinarios que disponen de -o hacen donativos a- programas de conservación son una minoría (entre el 5-10%), y en estos casos, las cantidades económicas invertidas en ellos representan tan sólo una ínfima parte de sus ingresos anuales. Apenas se ha realizado ninguna investigación viable en los delfines cautivos que pueda contribuir a las iniciativas de conservación.

Las mismas capturas de animales de la naturaleza que se realizan para suministrar a esta industria, afectan a las poblaciones salvajes y ponen en peligro la conservación de las especies. Las capturas afectan toda la población y no sólo a los individuos capturados. El grupo puede perder la cohesión social y dispersarse- implicando riesgos a la supervivencia ya que no pueden cooperar para pescar o defenderse de depredadores. Aunque EEUU y la legislación CITES establezca condiciones para evaluar la viabilidad de las capturas (estudios de poblaciones, pruebas genéticas, etc.) éstos requisitos no son suficientes, no se cumplen o no son de obligado cumplimiento.

Es ilustrativo el hecho de que la industria del cautiverio en los EEUU presiona a su gobierno para que no promuevan la protección de pequeños cetáceos en las reuniones de la Comisión Internacional Ballenera en base a que dicha protección podría "interferir en su habilidad para hacer negocio".

En 2006, España permitió la primera importación de orcas a la UE en 10 años. Aunque importados con un permiso de cría en cautividad para su conservación, estos animales participan cada día en espectáculos circenses al son de la música.

Aunque estos centros alegan que su aportación a la conservación son sus programas de cría en cautividad, casi ninguno de ellos participa de programas para las especies de cetáceos más amenazadas como son el delfín de río Yangtze (Lipotes vexillifer, actualmente extinguido) o la vaquita (Phocoena sinus). De todas maneras no existe suficiente diversidad genética en los delfinarios para llevar a cabo proyectos viables de cría en cautividad.

La endogamia es también muy frecuente en estos centros. Además de inseminar artificialmente a hembras demasiado jóvenes para criar, es frecuente cruzar animales con parentescos familiares con los problemas de salud que pueden conllevar además de reducir la variedad genética necesaria para proyectos de conservación. Asimismo, los híbridos de animales provenientes de distintas poblaciones imposibilitan su posible reintroducción en la naturaleza.

Aunque se han llevado a cabo 11 reintroducciones por parte de delfinarios (9 en Australia y 2 en el Mar Negro), la industria suele oponerse fervientemente a cualquier intento de reintroducir animales. La mayoría de las pocas reintroducciones que se han llevado a cabo han sido financiadas por ONGs o instituciones científicas. En todo caso, cuando se planea reintroducir un animal en su hábitat, éste debería mantenerse lo más alejado posible del contacto humano, en un ambiente lo más natural posible y por supuesto no sería entrenado para realizar espectáculos.

Investigación:

Actualmente, los avances de la tecnología (dardos de biopsia, tags electrónicos, videos subacuáticos, etc.) permiten estudiar a las poblaciones salvajes con métodos no invasivos.

Además, algunos comportamientos en cautividad son diferentes a los naturales, con lo que estudios de comportamiento hechos con cetáceos cautivos son difíciles de aplicar a animales salvajes. También es importante considerar si los estudios que se realizan tienen son viables para beneficiar a las poblaciones salvajes. El estudio que justificó la importación de las ballenas beluga al Oceanográfico de Valencia, por ejemplo, pretendía estudiar la comunicación de estos animales en cautividad, información irrelevante para la conservación de esta especie.

Los delfinarios producen muy pocos estudios publicados. A modo ilustrativo, en la conferencia de la Sociedad de Mamíferos Marinos de 2003, se presentaron 469 estudios de biología de cetáceos. Solo el 4% de éstos eran realizados con delfines en cautividad y un tercio de éstos venían de instalaciones científicas no abiertas al público.