Le terme « transphobie » contient le préfixe « trans » et le suffixe « phobie », qui dérive de phobos — du grec ancien φόβος / phóbos, « frayeur » ou « crainte ». En français, l'élément formant « -phobie » exprime, d'après le Centre national de ressources textuelles et lexicales une « Aversion »