In der Cross Academy werden sowohl Menschen als auch Vampire unterrichtet. Die Menschen lernen tagsüber und werden als Day Class (dt. Tagesklasse) bezeichnet. Sie wissen jedoch nicht, dass in der Night Class(dt. Nachtklasse), wenn es bereits dunkel ist, die Vampire unterrichtet werden. Die größtenteils weiblichen Schülerinnen sind zudem in die schönen Vampire verliebt, was es Yuki Cross nicht gerade leicht macht, die Vampire davon abzuhalten, das Blut der Mädchen zu trinken. Sie selbst ist auch nur ein Mensch, wurde jedoch im Alter von sechs Jahren von einem Vampir angegriffen und von Kaname Kuran, einem reinblütigen Vampir, gerettet. Als reinblütiger Vampir zählt dieser zum vampirischen Adel und blickt auf Level E - Vampire (Vampire, die früher Menschen waren und die sich nicht mehr unter Kontrolle haben) herab. Er bringt Yuki zum Direktor der Schule, der sie adoptiert.

Vier Jahre später wird auch Zero Kiryu mit aufgenommen. Er ist der Sohn einer Vampirjägerfamilie, deren Mitglieder mit Ausnahme von Zero und seinem Zwillingsbruder Ichiru von der Vampirin Shizuka Hio getötet wurden. Zero selbst ist von den Gedanken besessen, Rache an diesem Vampir zu nehmen. Yuki und Zero sind die „Guardians" der Schule, die dafür sorgen, dass niemand von der Day Class vom Geheimnis der Night Class erfährt. Die ahnungslosen Mädchen der Day Class schleichen sich nachts hinaus, um die Eliteschüler zu sehen. Weil dies als gefährlich gilt, verhindern die beiden Guardians und Vertrauensschüler der Academy jeden Nahkontakt zwischen den Day Class- und Night Class-Schülern.

Vampir, mensch oder Jäger?