Im Jahr 2012 kamen durch eine vermeintlich von einem Virus ausgelöste Katastrophe alle Menschen über 13 Jahre ums Leben. Im Anschluss kamen die Vampire aus ihren Verstecken und übernahmen die Welt unter dem Vorwand, die Kinder zu beschützen. Diese dienen den Vampiren jedoch nur als Blutspender. Zu diesen Kindern gehören die beiden Waisenkinder Yūichirō Hyakuya (百夜 優一郎) und Mikaela Hyakuya (百夜 ミカエラ). Vier Jahre später, beide nun 12 Jahre alt, planen und unternehmen die beiden mit den restlichen Kindern aus dem Waisenhaus nun eine Flucht aus der unterirdischen Stadt der Vampire, in die sie gebracht worden waren. Dabei werden sie von dem hochrangigen Vampir Ferid Bathory (フェリド・バートリー, Ferido Bātorī) gestellt, der ein Gemetzel anrichtet, bei dem nur Yūichirō entkommen kann. Dieser fasst den Entschluss, sich an den Vampiren für den Tod seiner Waisenfamilie zu rächen, wobei ihm gelegen kommt, dass er nach seiner Flucht von Guren Ichinose (一瀬 グレン) aufgelesen wird, dem Anführer der „Mondjäger-Einheit" (月鬼ノ組) der „Japanischen Kaiserlichen Dämonenarmee" (日本帝鬼軍), die mittels dämonischer Waffen Jagd auf Vampire macht. Die eigentliche Handlung setzt nun weitere vier Jahre später ein, nachdem Yūichirō nun ein Mitglied der Armee geworden ist.

Vampir oder Mensch!