Das Ziel von Akatsuki ist die Weltherrschaft.Der Anführer der Organisation, Pain, hat einen dreistufigen Plan entwickelt, um zu diesem Ziel zu gelangen:Die erste Stufe sieht vor, eine hohe Geldsumme zu verdienen, um die Organisation zu finanzieren.Die zweite Stufe stellt die Errichtung einer Söldnergruppe dar, die jede Art von Mission annimmt, und das weit unter den üblichen Kosten. Die finanziellen Verluste würden mit dem angesammelten Kapital aus Stufe 1 des Planes ausgeglichen werden.Die Shinobi-Dörfer, die durch die lange Friedenszeit finanzielle Verluste erlitten haben, könnten es sich nicht leisten, mit Akatsuki zu konkurrieren, da die niedrige Bezahlung, die sie in einem möglichen Konkurrenzkampf mit Akatsuki zu fordern gezwungen wären, langsam zu ihrem finanziellen Ruin führen würde. Zusätzlich könnte Akatsuki mit Hilfe der Bijuu, die sie zu einer ultimativen Waffe vereinen wollen, jederzeit und überall im Geheimen kriegerische Auseinandersetzungen provozieren und sich dann selbst dafür bezahlen lassen, diese wieder zu beenden, um dadurch den eigenen Ruf zu verbessern und darzustellen, dass nur Akatsuki in der Lage ist, alle weltweit anfallenden Missionen zu erledigen.Die finale Stufe, die einträte, sobald die Shinobi-Dörfer durch die Folgen der zweiten Stufe keine Missionsanfragen mehr bekämen, sieht vor, dass Akatsuki nach und nach zur einzigen Shinobi-Macht aufsteigt und dadurch sowohl die Shinobi-Dörfer als auch deren jeweiliges Einflussgebiete von sich abhängig macht.Trotz der Größe dieses Planes werden die einzelnen Mitglieder nicht bei deren Eintritt über dieses Ziel aufgeklärt:Hidan, beispielsweise, hatte es erst herausgefunden, nachdem er bereits einige Zeit Mitglied in der Organisation gewesen war.