Akatsuki wurde ursprünglich von Yahiko gegründet, der dies in Tobis Willen tat. Als Yahiko noch der Anführer von Akatsuki war, wurden andere Mäntel getragen. Außerdem gab es früher in Akatsuki viele andere Mitglieder, die anscheinend genau wie diedrei Waisen alle aus Amegakure stammten. Zudem ist es glaubhaft, dass Nagato damals noch keine Absichten von seinem "Frieden durch Schmerz"-Plan hatte, da er zu dieser Zeit noch nicht seinen zweiten großen Schmerz erlitt. Bekannt ist außerdem, dass Akatsuki früher nicht aus Nuke-Nin bestand, sondern eine eher friedliche Organisation war, denn ihr Ziel war es Frieden in die Welt zu bringen. Dies ist auch daran zu erkennen, dass keines der Mitglieder einen Strich auf seinem Stirnband hatte, wobei Nagato seinen Strich durch sein Stirnband erst nach seinem zweiten großen Schmerz, also nach Yahikos Tod, mit einem Kunai schnitzte. Wahrscheinlich wurde Akatsuki auch erst danach zu einer gefährlichen und kriminellen Organisation.