Akatsuki hat zu keiner Zeit mehr als zehn Mitglieder. Es ist kein Kriterium bekannt, um in der Organisation aufgenommen zu werden, doch alle bekannten Mitglieder haben ihre Beziehung zu ihrem jeweiligen Heimatdorf abgelegt und sind als Kriminelle der Klasse "S" im Bingo-Buch eingetragene Personen.Die Mitglieder von Akatsuki arbeiten grundsätzlich in Zweier-Teams. Die Teams werden erstellt, um die einzelnen Fähigkeiten und Talente der Mitglieder zu vervollständigen und ein perfektes Duo zu kreieren. Hidan und Kakuzu zum Beispiel nutzen Hidans Unsterblichkeit zu ihrem Vorteil, indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt, die von Hidan festgehalten werden. Hidan selbst überlebt diese Angriffe unversehrt.Zetsu bildet eine Ausnahme, er arbeitet immer allein. Auch Mitglieder deren Partner verstorben sind, arbeiten vorerst alleine, bis ihnen ein neuer Partner zugeteilt wird. Die Mitglieder entwickeln eine Art Loyalität zu ihrem aktuellen Partner. Allerdings geht diese nicht über deren Tod hinaus. Wenn ein Mitglied von Akatsuki im Kampf besiegt wird, gilt das Interesse der übrigen lediglich demjenigen, der stark genug war, das Mitglied zu töten.Akatsuki ist eine weit verbreitete Organisation, deren Mitglieder durchgehend zwischen den Ländern hin- und herreisen. Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen Dörfern auf der ganzen Welt verbreitet. Diese Agenten arbeiten jeweils für einzelne Mitglieder:Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmern. Weil die einzelnen Mitglieder oft weit von einander entfernt sind, ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich. Dafür können sie über eine Form der Telepathie miteinander kommunizieren. Auch können sie Sitzungen halten, bei denen die abwesenden Mitglieder als Projektion anwesend sind.Im zweiten Teil der Serie finden solche Treffen häufiger statt, bedingt durch ihre erhöhte Aktivität.