Forse dopo aver finito la serie, con tutto quello che è successo, alcuni particolari ci sono sfuggiti.
Ma ci sono due cose in cui chiaramente Hermione non è brava.

La prima è il Quidditch: quante volte l'abbiamo sentita parlare male di questo sport?
Nel primo libro, durante la lezione di volo, possiamo leggere questa frase:

"Quella di Hermione Granger si era limitata a rotolare per terra e quella di Neville non si era neanche mossa. Forse i manici di scopa, come i cavalli, lo sentivano quando avevi paura, pensò Harry."

Evidentemente Hermione era una tutta testa e niente corpo (riferimenti a me puramente casuali).

La seconda cosa, forse un po' più palese, è Divinazione:

“Ma comunque, chi ha detto che i centauri hanno ragione? A me sembra roba da chiromanti, e anche la professoressa Mcgranitt ha detto che quella è una branca della magia molto imprecisa.”

Hermione non è mai stata brava a "leggere l'occhio interiore", cosa puntualizzata anche dalla stessa Cooman.

Conclusione? Hermione sembrava brava perché aveva una buona memoria e leggeva tanti libri, ma nelle materie più "pratiche" era una normale studentessa.