- Harry presenta differenze nell'aspetto: nei film ha i capelli lisci mentre nel libro viene descritto con i capelli arruffati e gli occhi di Harry sono verdi, mentre nel film sono azzurri (dovuto all'allergia di Dan alle lenti a contatto).

- Nel primo film sono stati omessi la signora Figg e il Poltergeist Pix.

- Nella scena del treno, Hermione usa l'incantesimo Oculus Reparo per aggiustare gli occhiali di Harry. Questo particolare è assente nel libro.

- Nel film viene eliminato il duello nella sala dei trofei sul quale Harry e Draco si erano accordati.

- Nel film Hermione chiama Voldemort per nome, mentre nei libri lo farà solo dal quinto.

- Licenza dello sceneggiatore è rappresentare Seamus Finnigan come mago latente alle esplosioni coi propri incantesimi: tale aspetto è del tutto assente nei libri.

- Nel film il drago di Hagrid viene spedito da Silente in Romania, mentre nel libro sono Hermione e Harry a portarlo agli amici di Charlie Weasley.

- Nel film lo scontro con Raptor viene vinto da Harry toccando il volto del professore, mentre nel libro è Silente a salvare Harry (cosa che gli viene rivelata dallo stesso Silente nell'infermeria).

- Durante la prova degli scacchi giganti, Ron decide di sacrificarsi, ma la scena nel libro è meno tragica: le pedine mangiate non vengono distrutte, ma solo tramortite.

- Alla fine del film Harry, Ron e Hermione trovano un'arpa che suona da sola, mentre nel libro Harry e Hermione suonano un flauto (regalato a Harry da Hagrid) per far addormentare Fuffi.

- Nelle scene dove Harry, Ron e Hermione cercano di superare il corridoio per prendere la pietra filosofale, sono state omessi due incantesimi dei professori: il corridoio del Troll e la stanza del fuoco magico con le pozioni.